Olá Gabriel, parabéns pelo seu trabalho e sua apresentação!Algumas dúvidas: i) você cita que seu composto 6 realizou uma interação por ligação de hidrogênio com o resíduo Trp22. Esse resíduo está envolvido diretamente na catálise enzimática? ii) Seu método de classificação dos compostos foi somente pelo score de energia resultante do docking, ou você estabeleceu algum outro critério de seleção? iii) cumarinas possuem um grupo aceptor de Michael, que pode estar suscetível a um ataque nucleofílico de um grupo tiol livre, na sua imagem, dá para perceber que há um átomo de S próximo ao anel cumarínico, pela imagem parece ser do FMN, você chegou a verificar essa proximidade e essa possibilidade de interação?
Boa noite Prigoescmg, respondendo a pergunta i) O resíduo Trp22 não está envolvido diretamente na catálise enzimática, a minha enzima enoil-ACP-Reductase, especificamente a FabK relativa ao microrganismo Streptococcus agalactae, não possui uma díade nem uma tríade catalítica, o mecanismo catalítico se baseia na participação do NADH e do FMN, o NADH doar um elétron para o FMN que por vez irá aceptar esse elétron para ser doado ao substrato e realizar a redução da ligação dupla do substrato enoyl resultando no grupamento acyl, porém temos um resíduo muito importante no que tange a esse mecanismo, é o de Histidina144, que auxilia o NADH na doação de hidreto para o FMN, mas como o Composto 6 não realiza interação de hidrogênio com o resíduo de His144, eu faço essa análise para outros compostos. Inclusive já foi demonstrado em artigos, que o próprio resíduo de His144 modifica sua posição no sítio ativo da enzima pós-formação do complexo ligante-proteína-cofator, de modo a ficar mais próximo do ligante.
Respondendo a pergunta ii) O método de classificação dos compostos foi somente pelo score de energia resultante do docking, pois o programa que eu utilizei para a Docagem Molecular, o Autodock Tools, se baseia que o composto que possui uma maior afinidade entre ligante e proteína, será aquele que possuir o menor valor de energia liberada na formação do complexo ligante-proteína-cofator.
Respondendo a sua pergunta iii) Concordo que as Cumarinas possuem um grupo aceptador de Michael, que pode estar suscetível a um ataque nucleofílico de um grupo Tiol livre, porém ao observamos a estrutura 2D do cofator FMN, ele não possui átomos de Enxofre na sua estrutura, acredito que o átomo próximo ao anel cumarínico que você esteja se referindo seja o de Oxigênio, mas especificamente o Oxigênio pertencente ao grupamento Carbonila, mas obrigado pela dica, não pensei nessa possibilidade de interação, e vou estudar essa hipótese.
Em nome da Comissão Avaliadora, temos uma pergunta: "Parabéns pelo seu trabalho Gabriel. Dúvidas: i) No estudo de docking, vocês consideraram o ligante rígido ou flexível. ii) Essas moléculas propostas são inéditas na literatura? iii) A substância mais promissora no seu trabalho, é o derivado nitrado (6), vocês fizeram algum estudo preliminar sobre a toxicidade e solubilidade de compostos nitrados?"
Bom dia, obrigado pelo elogio, respondendo a pergunta i) No estudo de Docking consideramos o ligante flexível, para assim termos uma maior probabilidade de achar a melhor posição de encaixe de uma determinada conformação do ligante no sítio ativo da enzima.
Bom dia, respondendo a pergunta ii) sim, as moléculas propostas são inéditas na Literatura, e também não foram lançados artigos sobre as Cumarinas sintetizadas.
Bom dia, respondendo a pergunta iii) o meu foco da pesquisa ficou somente na parte Teórica, os estudos de análise sobre a Toxicidade e Solubilidade das Cumarinas ainda estão sendo realizados pela aluna Iara Santos que realizou a Síntese das mesmas sob orientação das professoras Lidilhone e Bárbara, portanto eu não sei te responder, mas posso entrar em contato com elas para te dar uma resposta mais concreta à cerca da pergunta.
Adorei a apresentação e a ideia do trabalho, Gabriel! Meus parabéns!!
Parabéns!
Muito bom!
Olá Gabriel, parabéns pelo seu trabalho e sua apresentação!Algumas dúvidas: i) você cita que seu composto 6 realizou uma interação por ligação de hidrogênio com o resíduo Trp22. Esse resíduo está envolvido diretamente na catálise enzimática? ii) Seu método de classificação dos compostos foi somente pelo score de energia resultante do docking, ou você estabeleceu algum outro critério de seleção? iii) cumarinas possuem um grupo aceptor de Michael, que pode estar suscetível a um ataque nucleofílico de um grupo tiol livre, na sua imagem, dá para perceber que há um átomo de S próximo ao anel cumarínico, pela imagem parece ser do FMN, você chegou a verificar essa proximidade e essa possibilidade de interação?
Boa noite Prigoescmg, respondendo a pergunta i) O resíduo Trp22 não está envolvido diretamente na catálise enzimática, a minha enzima enoil-ACP-Reductase, especificamente a FabK relativa ao microrganismo Streptococcus agalactae, não possui uma díade nem uma tríade catalítica, o mecanismo catalítico se baseia na participação do NADH e do FMN, o NADH doar um elétron para o FMN que por vez irá aceptar esse elétron para ser doado ao substrato e realizar a redução da ligação dupla do substrato enoyl resultando no grupamento acyl, porém temos um resíduo muito importante no que tange a esse mecanismo, é o de Histidina144, que auxilia o NADH na doação de hidreto para o FMN, mas como o Composto 6 não realiza interação de hidrogênio com o resíduo de His144, eu faço essa análise para outros compostos. Inclusive já foi demonstrado em artigos, que o próprio resíduo de His144 modifica sua posição no sítio ativo da enzima pós-formação do complexo ligante-proteína-cofator, de modo a ficar mais próximo do ligante.
Respondendo a pergunta ii) O método de classificação dos compostos foi somente pelo score de energia resultante do docking, pois o programa que eu utilizei para a Docagem Molecular, o Autodock Tools, se baseia que o composto que possui uma maior afinidade entre ligante e proteína, será aquele que possuir o menor valor de energia liberada na formação do complexo ligante-proteína-cofator.
Respondendo a sua pergunta iii) Concordo que as Cumarinas possuem um grupo aceptador de Michael, que pode estar suscetível a um ataque nucleofílico de um grupo Tiol livre, porém ao observamos a estrutura 2D do cofator FMN, ele não possui átomos de Enxofre na sua estrutura, acredito que o átomo próximo ao anel cumarínico que você esteja se referindo seja o de Oxigênio, mas especificamente o Oxigênio pertencente ao grupamento Carbonila, mas obrigado pela dica, não pensei nessa possibilidade de interação, e vou estudar essa hipótese.
Em nome da Comissão Avaliadora, temos uma pergunta: "Parabéns pelo seu trabalho Gabriel. Dúvidas: i) No estudo de docking, vocês consideraram o ligante rígido ou flexível. ii) Essas moléculas propostas são inéditas na literatura? iii) A substância mais promissora no seu trabalho, é o derivado nitrado (6), vocês fizeram algum estudo preliminar sobre a toxicidade e solubilidade de compostos nitrados?"
Bom dia, obrigado pelo elogio, respondendo a pergunta i) No estudo de Docking consideramos o ligante flexível, para assim termos uma maior probabilidade de achar a melhor posição de encaixe de uma determinada conformação do ligante no sítio ativo da enzima.
Bom dia, respondendo a pergunta ii) sim, as moléculas propostas são inéditas na Literatura, e também não foram lançados artigos sobre as Cumarinas sintetizadas.
Bom dia, respondendo a pergunta iii) o meu foco da pesquisa ficou somente na parte Teórica, os estudos de análise sobre a Toxicidade e Solubilidade das Cumarinas ainda estão sendo realizados pela aluna Iara Santos que realizou a Síntese das mesmas sob orientação das professoras Lidilhone e Bárbara, portanto eu não sei te responder, mas posso entrar em contato com elas para te dar uma resposta mais concreta à cerca da pergunta.