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- เผยแพร่เมื่อ 11 ก.ย. 2024
- Poder medir parâmetros das imagens digitais é um dos grandes atributos do ImageJ/FIJI. Nesse vídeo vamos aprender como conseguir fazer medidas espaciais de área, centro de massa e perímetro de uma área selecionada a mão ou por método de seguimentar através do liminar de intensidade do pixel (Threshould). Aproveite.
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Olá, uma dica, qd for fazer um tutorial não põe música, dificulta o entendimento de quem está assistindo.🙏
Prezada @miriancosta3101, dica anotada.
@@emagicoj Grata.
Oi Gui! aqui é a Rafa. Parabéns pelo novo projeto... os vídeos estão muito claros e são muito importante para a ciência aqui no Brasil. Gui, eu fiquei com uma dúvida, minhas esferas possuem uma área clarinha na borda que é difícil de separar do background porque eles tem tonalidades simulares. Quando eu uso o Fill Hole, ele junta tudo. Existe alguma solução para isso? Acha que devo aumentar o contraste na hora de tirar a foto? thanks.
Obrigado Rafa! Estou empolgado em criar esses tutorials e ajudar a pessoas a mergulharem nesse mundo. Rafa, resposta clássica: "Cada caso é um caso." Ferramentas como "Watershed", "Open" e "Close" podem ajudar voce. Eu vou comentar mais sobre essas ferramentas depois quando eu falar sobre segmentação de imagens. Mas se quiser pode me mandar mensagem para eu te ajudar no seu caso em particular.
Bom dia, Excelente vídeo. Gostaria de saber se existe alguma comando no imageJ FIJI que me possibilite selecionar diversas áreas de uma imagem colorida e extrair os canais RGB (simultaneamente os três ou um de cada vez) ? Atualmente eu seleciono a área de interesse e utilizo Ctrl + H.
Wilson Botelho, obrigado pelo comentário. Se eu entendi sua pergunta direito, você está selecionando várias áreas de interesse (ROI) de uma imagem RGB e gostaria de media a intensidade de Red-Green-Blue de cada um desses canais nas suas ROIs.
1- Para selecionar as diferentes áreas você pode deixar todas elas registradas utilizando a ferramenta "Roi menager", bastando apenas clicar a tecla T para cada área que você seleciona, e assim criando uma lista de áreas de interesse para sua analise.
2- Em Analyse>Set Measurements você escolhe os parâmetros que você quer medir (ex: integrated density ou gray valeu mean).
3- Para medir cada canal separado é importante que sua imagem RGB esteja separada em três canais, normalmente representados com a presença da barra de rolagem em baixo da imagem. Se não tiver para fazer isso bas ir em Image>Color>Make composite.
4- Ok nesse momento você está pronto para medir todas as áreas ao mesmo tempo. Basta clicar na janela do ROI Manager, selecionar todos as áreas, e clicar em More>Multi measure. Com isso O FIJI irá fazer uma medida em cada canal (colunas) em cada área que você selecionou (linhas). Atente-se ao fato que se você selecionar vários parametros para serem medidos (ex: 3 parametros) , então as 3 primeiras colunas serão referentes ao canal Red, as 3 do meio ao canal Green, e as três ultimas ao canal Blue.
Espero ter te ajudado. Se precisar de mais informação pode entrar em contato..
Abraço,
Guilherme
@@emagicoj Muito Obrigado Guilherme. Irei tentar e depois lhe dou o retorno.
@@emagicoj Bom dia Guilherme. Consegui realizar as medidas seguindo suas orientações e deu certo, muito obrigado. Gostaria de tirar algumas dúvidas. Eu tenho aqui uma imagem obtida através de um scanner de 60 sementes onde o fundo é preto. Para eu testar o que você me orientou eu selecionei as áreas de interesse com o freehand (selecionei o contorno da semente), mas existe algum comando para selecionar todas as áreas de interesse, que neste caso, seriam as sementes de uma única vez, para em seguida realizar a extração dos canais? ou o processo é manual mesmo?
Minha outra dúvida é quanto ao resultado final da análise. Fiz com três ROI. O resultado sai da seguinte forma:
area1 maen 1 stdDev 1 mode1 min1 max1 .... area 2 mean 2....
1 143,...
2 107,....
3 32,....
e depois se repete para o 2 e 3. No caso, mean 1 seria para o primeiro ROI e a linha 1 seria o canal R, a linha 2 o canal G e a linha 3 o canal B? Pois aumentando o número de amostras aumenta o número de colunas (area4....., area5....,) mas o número de linhas permanece o mesmo.
Desde já agradeço a ajuda e as orientações.
@@wilsonbotelho3530 MUITO BOM>>>> vou começar com a segunda pergunta... você está CORRETO... eu inverti na minha resposta. As linhas são os canais e as colunas são as ROIs. Para a sua primeira pergunta, basta apenas, na janela "ROI manager", você clicar utilizando a tecla shift em todas as ROIs ou apertar Cntrl+A para selecionar tudo... então faz o mesmo processo, clicar na janela do ROI Manager, selecionar todos as áreas, e clicar em More>Multi measure.
@@emagicoj Valeu Guilherme.
Eu acabei não sendo tão claro na primeira pergunta. Sua orientação quanto a seleção deu certo. A minha pergunta no comentário anterior se refere justamente a seleção do ROI (das áreas na imagem, durante o processo de registro). Usando o FreeHand eu tenho que selecionar individualmente cada região das sementes e registrar o ROI. Realizando manualmente seria 60x só para essa imagem. O que quero saber é se tem algum comando que reconheça as áreas, regiões de interesses ou coordenadas das sementes e me possibilite registrar os ROI, neste caso das 60 sementes ou este é um trabalho manual mesmo? Espero ter passado a informação correta agora.
Outra dúvida é que percebi que os resultados dos canais são as médias de R, G e B. Gostaria de saber se existe alguma comando para extrair o perfil de cada canal com a extensão de 0 a 255 utilizando este procedimento de registrar o ROI, depois selecionar todos usando o Ctrl + A e usar alguma função ou comando que me forneça os canais R, G e B da mesma forma quando usamos o comando Ctrl + H.
Desculpe por tantas perguntas. Você é o primeiro que responde os comentários sobre o imageJ. Lhe parabenizo pelo excelente conteúdo e pela ajuda e orientação.
Boa noite.
Pra descobrir o tamanho das partículas, eu devo observar um objeto que tenho conhecimento do tamanho e criar uma correlação de pixels - unidade de área, ou ele possui algum sistema para realizar esta conversão?
Manuel, se a imagem estiver calibrada, os resultados de medida ja saem na calibração, caso contrário os resultados sempre são aprensentados em forma de quantidade de pixels. Tendo isso dito, pode ser que sua imagem ja seja caluibrada ou não, a depender de como o arquivo é salvo e qual equipamento você está utilizando. Se sua imagem não for calibrada você sempre pode calibrar ela utilizando um objeto de referencia (ex.: os quadrados de uma lamina de citologia, ou micro-esferas de vidro de tamanho padrão, moedas, réguas). Lembre-se que toda calibração tem um erro e isso pode ser medido.
Olá, no caso, qual seria a unidade de comprimento utilizada?
Olá... A unidade de comprimento quem vai definir é a escala da calibração da imagem, isso pode ser predefinido pelo sistema de aquisição da imagem ou definido pós análise utilizando algum padrão. Qual escala você trabalha?
@@emagicoj Muito obrigado pela resposta, eu acabei de ver um outro vídeo que explicava sobre essa calibração, valeu.