Q1: use NaOH to denature the double stranded DNA, then wash away, so the single strand can be "planted" on the flow cell surface by co-valent bond. Q2: This is a pure bioinformatic question. This part (alignment to known genetic build/genome) is done by computer.
2种DNA引物共价键连接在芯片上。在桥式PCR的步骤，切断的引物是反义链连接的引物；在双端测序的时候，切断的引物是模版链连接的引物，所以能实现正反各测量了一遍。陈老师讲解优秀，配图同样优秀。图结合讲解更容易理解。
看了很多国外的视频，很多细节没弄懂，陈老师讲得很细，很多细节问题都弄懂了。
晚看了三年，然而受益匪浅！以后的自己要紧跟时代！感谢感谢！
陈老师讲的好，受益匪浅。
讲得真好，很有帮助！期待继续。
感谢讲解！
感谢陈老师。非常清晰！
陈老师太棒了！
介绍的非常详细，帮助很大！非常感谢！
mugua Chen 谢谢！
还是您的讲解让我明白了，多谢！
Fantastic! Down to terminal details. Mr. Chen!
谢谢老师
讲得太好啦！
设计读index这个步骤的目的是什么呢？比如我进去了10个DNA单链的片段，应该是在接头上每个片段有特别的index片段：index1，index2...index10。每个片段经过桥式PCR，比如5次，最终每个DNA片段，会得到16个单链的DNA。这16个相同的DNA，有相同的index标记。那么测序数据出来以后，再读index以后，相同的DNA测序数据就可以放在一起还是怎样呢？
设计index的目的，是为了能在一条lane里可以同时测许多个文库，以充分利用Illumina的测序芯片上测序通量。
因为illumina的一条lane里可以测许多条DNA链。以HiSeq 2000的测序芯片为例，一条lane里可以测2千万个簇（cluster），那如果一个文库的测序量不足2千万个簇，就会对测序通量造成浪费。
为了充分利用测序的通量，illumina公司设计了index，每个文库都有自己的一个特定的index序列，用index序列来区分文库。这样就可以把多个文库混合在一条lane里进行测序了，测完序之后，通过每个簇上的index序列来区分每个簇最初是来自于哪一个文库的。
@@davidchen4753 感谢陈老师的回复。这个世界里，真有一种只要能想到，就有办法能做到的感觉。继续学习中。
陈老师您好，您的视频解决了我很多的问题，很感谢您的讲解！
我还想请问您3个问题：
1. 在双端测序时，首先读取的是Index的序列吗？因为在单向测序的那条模板链上最后加入的是Rd 2 的SP，为了是测出Index的碱基排列，那么互补链也就应该以Index 的读取开始了吗，还是仍然优先读取插入的DNA序列呢？
2.Illumina 通过合成这么多的互补链，是可以起到增加读取正确率的作用吗？能合成几亿条，是不是也太多了呢？还是因为，需要读取完整的序列，又有很多片段，会产生重叠，很多条可以保证完整性和排除重叠的准确性？
3. 通过Index序列，又怎么可以知道DNA存在那个样本呢？Index只包含6-8的碱基，特异性会不会很弱？
谢谢您！
+Yimu Yang 测序过程中，是 A.测Read 1, B.测Index 1, 如果有双侧index, 则C. 测Index 2, 如果没有Index 2, 就跳过, D.测Read 2。详细的，你可以看这个视频：th-cam.com/video/HMyCqWhwB8E/w-d-xo.html
+David Chen 陈老师你好。可以做一期3C to hi-C的节目？
谢谢老师！
陈老师好，11:00左右测index序列时加入的‘’read2”测序引物应该为 “index 引物”引物吧？read 2测序引物是测另一条 read 2序列的，是这样吗？？
是的。视频11:00左右，加入的是测index的引物。
陈老师，关于sanger测序，我想问您一下，所使用的引物是怎么设计的
真的是萬分感謝!!!!
非常感谢！！
陈老师，我有2个问题。第一个，建库完成后是双链DNA片段，把文库加到芯片上就变成单链了，中间是有解链的过程吗？第二个问题，测序的结果是之前建库时候的打断的DNA片段的序列，那么怎么样把这些序列拼接起来呢
应该是用NaOH将双链文库解开了，和第一次桥式PCR后的处理一样。
Q1: use NaOH to denature the double stranded DNA, then wash away, so the single strand can be "planted" on the flow cell surface by co-valent bond.
Q2: This is a pure bioinformatic question. This part (alignment to known genetic build/genome) is done by computer.
第一，是的，建完库之后，要加到芯片上之前，要用NaOH做解链，变成单链，上机的单链。
第二，对于已知基因组的物种，如人类，是把测序得到的序列比对到现成已知的参考基因组（例如：hg19）上，看测序的序列与已知的参考基因组的差异。如果是没有现成基因组的情况，把打断的DNA拼起来是一个很复杂的生物信息学问题，一般是要配合能够测到长序列的测序平台（如：PacBio, NanoPore等），来拼出全基因组序列，这个拼的过程叫de novo组装。是一个专门的技术工作。
第一次看到可以把分生術語完全用中文表達出來, 6:57 主要是在表達負向DNA被切掉和洗掉對吧?
是的，被切断的那根链，被洗液给冲掉了。
好详细啊
very informative
Thanks a lot!
你好，请问这个ppt在哪能下载到？
没有PPT，抱歉
別學，很多人會枉死