Why microorganisms are important in agriculture and is it essential to add more to the ecosystem?

Les microorganismes vivent en partenariat avec le vivant depuis la nuit des temps. Tout comme les humains, les plantes possèdent un microbiome qui influence directement leur nutrition, leur santé, leur résilience.
En agriculture, les micro-organismes ont longtemps été perçus exclusivement comme des agents pathogènes. Cette vision négative est désormais désuète et l’étude des communautés microbiennes associées aux plantes nous a permis de mettre en évidence de nombreux micro-organismes d’intérêt agronomique. Présents dans la rhizosphère (zone proche des racines) et dans la phyllosphère (parties situées au-dessus du niveau du sol) certains colonisent également l’intérieur de leur hôte, on les appelle alors endosphériques.
Les micro-organismes rhizosphériques interagissent avec la plante au niveau de ses racines. C’est là que se trouve la flore microbienne la plus riche et nous aimons faire le parallèle avec notre intestin qui grouille lui aussi d’une flore aussi indispensable que fascinante. Comme un intestin tourné vers l’extérieur, les racines possèdent des poils absorbants à proximité desquels l’on retrouve d’importantes colonies microbiennes. Ce sont les exsudats racinaires émis spécifiquement par la plante qui attirent et stimulent ces micro-organismes bénéfiques pour elle. Certaines bactéries par exemple, stimulent et/ou protègent la plante grâce à un ou plusieurs mécanismes : excrétion de phytohormones dans le milieu, solubilisation d’éléments minéraux bloqués dans le sol, fixation de l’azote atmosphérique, réduction du niveau de certaines maladies dans le sol (par compétition ou hyper parasitisme…). On appelle ces bactéries : PGPR (Plant Growth Promoting Rhizobacteria). C’est dans cet environnement que l’on retrouve également les champignons (mycorhiziens par exemple mais pas seulement) et autres levures...
La phyllosphère et l’endosphère hébergent également une microflore diversifiée impliquée dans des mécanismes de nutrition ou de protection de la plante contre des stress abiotiques et/ou biotiques comme la stimulation des défenses naturelle SDN …
Les micro-organismes ne sont pas des intrants comme les autres, on ne peut les ranger comme des principes actifs uniquement. Ce sont de véritables partenaires des cultures qui tissent avec elles des relations complexes allant bien au-delà de la fonction pour lesquels on les sélectionne. Accompagnée d’une vie microbienne diversifiée, une plante forme à elle seule un véritable écosystème et l’on sait aujourd’hui que plus cet écosystème est complexe, plus il a de chance de résister aux aléas extérieurs.
Et l'agriculture dans tout ça?
En modelant le paysage et créant de nouveaux biotopes sur des territoires très importants, l’agriculture a bouleversé l’ensemble des équilibres préexistants. Ceci, de façon quasi instantanée à l’échelle du temps nécessaire à la mise en place d’un écosystème stable (minimum 50 ans selon l’IDDR) et sans comparaison avec le temps nécessaire à la mise en place d’une symbiose ou d’un mutualisme par coévolution qui demande lui, plusieurs milliers d’années ! Dans ce contexte, il est peu probable que les plantes agricoles aient une chance de recréer naturellement un écosystème microbien optimal.
L’idée « clef de voûte » cultivée par Lallemand Plant Care est de rechercher puis de proposer des micro-organismes d’intérêt pour les cultures. Grâce à des partenariats scientifiques dans le monde entier, nous étudions les mécanismes sous-jacents aux interactions avec les micro-organismes et sélectionnons par criblage des souches d’intérêt agronomique. Notre objectif est de « compléter » certaines fonctions de la plante par son association avec des micro-organismes clefs dans le domaine de la nutrition et de la résistance aux stress abiotiques et biotiques. Ceci nous conduit à sélectionner, produire, formuler tester et homologuer des micro-organismes permettant d’inoculer artificiellement les cultures.
Au-delà des inoculations possibles, nous considérons que les rotations ou successions de plantes au niveau parcellaire doivent être prises en compte en tant qu’écosystème variable à l’échelle annuelle ou pluriannuelle mais cohérent sur un temps plus long et c’est dans cette perspective que nous imaginons une action durable et rentable de nos associations plantes / micro-organismes. C’est l’un des points qui différencie fondamentalement l’usage de micro-organismes en agriculture de l’usage des intrants traditionnels.
Cette démarche ne prend toute sa valeur économique et technique que si elle est associée à un raisonnement de la fertilisation (minérale et organique), de la rotation du travail du sol … afin d’exprimer au mieux les potentiels génétiques de la plante et du/des micro-organismes associés.