Craig Daly
Craig Daly
  • 58
  • 825 940
Ilastik plugin for Fiji/ImageJ
Using Ilastik for machine learning with Fiji/ImageJ. A brief introduction and tutorial. **Erratum to avoid confusion - pixel classification uses a Random Forest - so strictly speaking not a NN - but that is available in other Ilastik options **.
มุมมอง: 6 376

วีดีโอ

Science & The Metaverse
มุมมอง 209ปีที่แล้ว
A brief introduction to the Metaverse and how Life Scientists (and/or microscope users) might take advantage of the promised digital landscape. Produced for the Glasgow Science Festival (June 2023). Part of the online 'Science on the sofa' section.
ChatGPT: Can it write ImageJ Macros?
มุมมอง 4.3Kปีที่แล้ว
A first look at ChatGPT. Is it a game changer for Image Analysis? Can it write an ImageJ Macro? If you cant get on to ChatGPT right now (cos its too busy) then this video might help.
Separate touching objects in ImageJ/Fiji (Watershed)
มุมมอง 10Kปีที่แล้ว
Quick ImageJ/Fiji tutorial on using watershed and analyse particles to extract touching objects.
Electron Microscope volume rendered in Autodesk Maya
มุมมอง 4092 ปีที่แล้ว
A block of 600 EM slices segmented in Slicer3D then rendered in Autodesk Maya. Part 1 shows the data. Part 2 will describe the image processing
Review and first reaction to Imaris 9.9.0
มุมมอง 2.2K2 ปีที่แล้ว
A short review and first impression of Imaris 9.9.0 Image Processing and Analysis Software.
Using different PSFs for Deconvolution (ImageJ/Fiji)
มุมมอง 2.9K2 ปีที่แล้ว
How to generate and apply different Point Spread Functions for use with DeconvolutionLab2 in ImageJ or Fiji - Short Tutorial
Fixing blurry images in Fiji/ImageJ (Deconvolution Lab2 plugin)
มุมมอง 9K2 ปีที่แล้ว
A quick and easy way to try out different deconvolution routines in imageJ or Fiji. A quick guide to getting started. Time markers below; 0 -1min Intro 1.01 - Intro Video 1.17 - Data Prep 2.54 - Running the plugin 3.37 - Point Spread Functions 5.00 - Regularized Inverse Filter 5.52 - Iterative Constrained Tikhonov Miller 10.20 - Richardson Lucy 13.00 - Round up
Trainable Weka Segmentation (Fiji Tutorial)
มุมมอง 13K2 ปีที่แล้ว
First steps to training a ML algorithm using Weka Segmentation in Fiji
Cell: The Genesis - VR Game Trailer
มุมมอง 5322 ปีที่แล้ว
Finally, it's here. A VR Cell physiology game funded by the Physiological Society. Developed by Craig Daly and Angela Douglass. You can download it from Itch.Io genesis-cell.itch.io/cell-the-genesis-vr
Getting started with macros in ImageJ
มุมมอง 17K2 ปีที่แล้ว
A very quick simple guide to creating macros in ImageJ
Shape Based Object Extraction in ImageJ or Fiji
มุมมอง 14K3 ปีที่แล้ว
using thresholding, shape descriptors and binary arithmetic to extract objects in ImageJ (or Fiji)
Virtual Reality (VR) for Research and teaching - Chatting with Edify VR
มุมมอง 5983 ปีที่แล้ว
A presentation (first 25 minutes) on my 40 year journey to VR for teaching and research. Chatting with the makers of the Edify platform; www.edify.ac/ and others for the remaining 30 minutes.
Image Arithmetic (Add & Subtract) using ImageJ
มุมมอง 16K3 ปีที่แล้ว
Quick tutorial on the image calculator function in ImageJ
ImageJ Contrast Enhancement
มุมมอง 14K3 ปีที่แล้ว
ImageJ Contrast Enhancement
Cell Rendering using Maya/Arnold
มุมมอง 6113 ปีที่แล้ว
Cell Rendering using Maya/Arnold
Machine Learning in ImageJ/Fiji - StarDist
มุมมอง 10K3 ปีที่แล้ว
Machine Learning in ImageJ/Fiji - StarDist
Adrenaline or Epinephrine; what should we call it?
มุมมอง 1.2K3 ปีที่แล้ว
Adrenaline or Epinephrine; what should we call it?
How to select your fluorescent probes
มุมมอง 2.9K3 ปีที่แล้ว
How to select your fluorescent probes
Cell: The Genesis trailer
มุมมอง 6863 ปีที่แล้ว
Cell: The Genesis trailer
4 Key factors that affect blood flow
มุมมอง 1.4K3 ปีที่แล้ว
4 Key factors that affect blood flow
ImageJ in a Browser - Part2 (3D plugin & Full VR)
มุมมอง 8483 ปีที่แล้ว
ImageJ in a Browser - Part2 (3D plugin & Full VR)
ImageJ Browser version. Review
มุมมอง 1.8K3 ปีที่แล้ว
ImageJ Browser version. Review
A beginners guide to ImageJ (and Fiji)
มุมมอง 84K3 ปีที่แล้ว
A beginners guide to ImageJ (and Fiji)
Artificial Intelligence & Image Analysis
มุมมอง 6K3 ปีที่แล้ว
Artificial Intelligence & Image Analysis
What is a point spread function (psf)?
มุมมอง 14K3 ปีที่แล้ว
What is a point spread function (psf)?
What are the Sars-cov-2 receptors?
มุมมอง 3033 ปีที่แล้ว
What are the Sars-cov-2 receptors?
Analysing blots and gels with ImageJ/Fiji
มุมมอง 15K3 ปีที่แล้ว
Analysing blots and gels with ImageJ/Fiji
Using Orthogonal Views in ImageJ/Fiji & Imaris
มุมมอง 9K3 ปีที่แล้ว
Using Orthogonal Views in ImageJ/Fiji & Imaris
Background subtraction in imageJ (3 ways)
มุมมอง 71K3 ปีที่แล้ว
Background subtraction in imageJ (3 ways)

ความคิดเห็น

  • @monakhalid3677
    @monakhalid3677 47 นาทีที่ผ่านมา

    thank you so much, its really helpful!!

  • @ВарламОсинов
    @ВарламОсинов 4 ชั่วโมงที่ผ่านมา

    Thompson John Gonzalez Christopher Thompson Elizabeth

  • @Alex-gw6pm
    @Alex-gw6pm 5 วันที่ผ่านมา

    Thank you so much! I have some questions, first, is it possible to train the classifier using more than one image? And second question, is using Stardist for training the model will give better results?

  • @Arshaqueh
    @Arshaqueh 8 วันที่ผ่านมา

    hii. i want to learn how to measure area of tympanic membrane perforations using image j software. please me guide me an approach how can i learn

  • @DonnaWilliams-n5r
    @DonnaWilliams-n5r 9 วันที่ผ่านมา

    Gonzalez Kevin Jackson Linda Rodriguez Maria

  • @DonnaWilliams-n5r
    @DonnaWilliams-n5r 11 วันที่ผ่านมา

    Walker Kenneth Anderson Jennifer Allen Dorothy

  • @JoanHernandez-j4p
    @JoanHernandez-j4p 11 วันที่ผ่านมา

    Lee Melissa Martin Jessica Lewis Jennifer

  • @catherinebushman762
    @catherinebushman762 12 วันที่ผ่านมา

    Gonzalez Betty White Karen Hall William

  • @LuluMarrow
    @LuluMarrow 13 วันที่ผ่านมา

    Allen Elizabeth Davis Robert Martinez Jose

  • @JanetShepherd-h1p
    @JanetShepherd-h1p 16 วันที่ผ่านมา

    Harris Jose Gonzalez Charles Jones Richard

  • @JeanVito-m5m
    @JeanVito-m5m 18 วันที่ผ่านมา

    Martinez Angela Lee Amy Rodriguez Brenda

  • @ShirleyTucker-u3w
    @ShirleyTucker-u3w 19 วันที่ผ่านมา

    Harris Elizabeth Williams Larry Jones Brian

  • @jordankache6017
    @jordankache6017 20 วันที่ผ่านมา

    Thanks for the perfect summary

  • @GuntherAmy-l1e
    @GuntherAmy-l1e 21 วันที่ผ่านมา

    Johnson Jeffrey Harris Eric Smith Donald

  • @EricaDavis-q9h
    @EricaDavis-q9h 22 วันที่ผ่านมา

    Mayert Lane

  • @MuttonShonx-l9q
    @MuttonShonx-l9q 22 วันที่ผ่านมา

    Young Donald Jackson David Allen Kimberly

  • @InsideOutMerch
    @InsideOutMerch 22 วันที่ผ่านมา

    Brown Jessica Young George Miller Helen

  • @LambMarvin
    @LambMarvin 22 วันที่ผ่านมา

    36986 Maud Stream

  • @JeromyDankerS
    @JeromyDankerS 22 วันที่ผ่านมา

    Jones Linda Perez Patricia Gonzalez Edward

  • @LenaElvis-j5u
    @LenaElvis-j5u 24 วันที่ผ่านมา

    Lewis George Johnson Brian Robinson Maria

  • @MollHyman
    @MollHyman 24 วันที่ผ่านมา

    Robinson Amy White Eric Garcia Laura

  • @InsideOutMerch
    @InsideOutMerch 26 วันที่ผ่านมา

    Lopez Helen Rodriguez Eric Thompson Angela

  • @DeloresCastillo-k1d
    @DeloresCastillo-k1d หลายเดือนก่อน

    Walker Donna Wilson Brenda Thompson Carol

  • @zahraahmadi2234
    @zahraahmadi2234 หลายเดือนก่อน

    hello. I have a question.would you please help me?I want to count the number of grafts inside the plates with the Fiji (filament detector). how can i do that(can i have your email address i want to send photos of analysis)

  • @zahraahmadi2234
    @zahraahmadi2234 หลายเดือนก่อน

    hello. I have a question.would you please help me?I want to count the number of grafts inside the plates with the Fiji (filament detector). how can i do that(can i have your email address i want to send photos of analysis)

  • @nishachandak7638
    @nishachandak7638 2 หลายเดือนก่อน

    I have imaged gfp and rfp tagged protein and after merging both the channels, it is giving orange color, instead of expected yellow puncta. What could be the reason?

  • @PatriciaNerydesiqueira
    @PatriciaNerydesiqueira 2 หลายเดือนก่อน

    Hiii, sir craig! whenever I use Fiji to analyze the particles in my image, I set it to exclude images that are on the edges, but it still considers them. Has the same thing happened to you? Could you help me?

  • @ursus2170
    @ursus2170 2 หลายเดือนก่อน

    Great video ! All of the information are very useful :D

  • @ObasaVictoria
    @ObasaVictoria 2 หลายเดือนก่อน

    Quite insightful lecture,. Thanks

  • @proflead
    @proflead 3 หลายเดือนก่อน

    Very interesting!

  • @merveemen3838
    @merveemen3838 3 หลายเดือนก่อน

    Dear Craig, thank you for this informative video. I would like to ask when I try to set a threshold, I see the background as red, not the sample I stained. What could be the reason of this?

  • @JohnMcLaughlin48
    @JohnMcLaughlin48 3 หลายเดือนก่อน

    Terrific. Now I would like to learn how to quantify size.

  • @excursion5246
    @excursion5246 4 หลายเดือนก่อน

    Thanks

  • @mediareviewingme7651
    @mediareviewingme7651 4 หลายเดือนก่อน

    Hey Craig, I have been using chatgpt to enhance marco functionality instead of writing it from scratch and that is where I think it shines. For example I would record my work flow in Fiji with the macro recorder. Then I would give the code to ChatGPT and tell it I want to do this analysis in all files of a single folder. That works like magic

    • @CraigDaly
      @CraigDaly 3 หลายเดือนก่อน

      That’s a great idea. Thanks for sharing. Cheers. C

  • @syedfaizaan1215
    @syedfaizaan1215 4 หลายเดือนก่อน

    Great Ex-planation, helped a lot in my thesis!

  • @EileenRedmond-f5i
    @EileenRedmond-f5i 4 หลายเดือนก่อน

    Very helpful! Thank you :)

  • @jebelhaji6666
    @jebelhaji6666 4 หลายเดือนก่อน

    A very incredible concept!!

  • @clintluna4680
    @clintluna4680 5 หลายเดือนก่อน

    Great video, appreciated the explanations made this a lot easier to understand. Also love the Scottish accent!

  • @yogiagustion4659
    @yogiagustion4659 5 หลายเดือนก่อน

    Thanks for your video, I have a question How if the color of the cells and the background quite similar? Do you have another method for this case?

    • @CraigDaly
      @CraigDaly 3 หลายเดือนก่อน

      Hi, sorry for the slow response. If object and BG are too similar then you may need an object classifier rather than a pixel classifier. Have a look at the Ilastik program. C.

  • @BrookeCampbell-ub1ek
    @BrookeCampbell-ub1ek 5 หลายเดือนก่อน

    Excellent video! Thank you for making and sharing with us.

  • @vladi1475S
    @vladi1475S 5 หลายเดือนก่อน

    Your is THE BEST CHANNEL on TH-cam!!! Thanks a lot for all the videos you are making!!! 🙏

  • @AnkitPatel-ij1bb
    @AnkitPatel-ij1bb 5 หลายเดือนก่อน

    Hi, I followed this to make the macro. But somehow, my macro is usingthe same image again and again. Could you please help? Thanks

    • @selrackleputon
      @selrackleputon 4 หลายเดือนก่อน

      Hello! I guess you started recording the macro before adding the image. Then, the first thing that your macro does is to load the same image. I suggest that you open your image before starting the macro, and then you start your processing that you want to do. As a tip, the first thing to do is rename your file in your macro to a temporary name, so all the images that you run with your macro will work with the same script. Once you finish, save the macro and install it as Craig shows, and then you can test your macro. You should be able to open your image first, and then run the macro and should work fine!

  • @AntiQris
    @AntiQris 5 หลายเดือนก่อน

    Where are you at with this project? I have some fun ideas to give you if you are still working in this field. I write grants if that helps too and know of a way to put this project and the main idea I wanna share into a format for field forensics and ER mop ups etc. If interested in rapping boot it reply and we’ll go from there.

  • @BrookeCampbell-ub1ek
    @BrookeCampbell-ub1ek 5 หลายเดือนก่อน

    Hi Criag, Thank you for the detailed videos, they are very helpful. I am a novice imageJ user and am trying to characterize spheroids (3D cellular circular structures) that are touching. The watershed function did not work the same way it did in this video. What would you recommend as a next step to try. Many Thanks, Brooke

  • @ElectronBombardment
    @ElectronBombardment 5 หลายเดือนก่อน

    I was missing the "set scale" part before setting scale bar, found it then on another tutorial

  • @justineengel5740
    @justineengel5740 6 หลายเดือนก่อน

    Hello! Thank you very much for this very clear tutorial! I used to do the thresholding manually in ImageJ, but now I want to automate it by linking Ilastik and ImageJ. Do you think it's possible to do it within a macro? if you could help me please ?

  • @captnwho
    @captnwho 6 หลายเดือนก่อน

    Hi, i am New in imagej and Hacer a question if could you answer please? İ am trying on one image that selecting multiple rois and want to for each roi apply crop, duplicate , add gray,Binary.......and skeletonise. Making it step bu step so bored. İ tried to make a macro but i failured. Can you help me please how can i handle. Thanks

  • @BrokenSofa
    @BrokenSofa 6 หลายเดือนก่อน

    This. Is. Awesome.

  • @samawe4
    @samawe4 6 หลายเดือนก่อน

    Hi Craig, thanks for the wonderful videos. Could you make a video on how to use ImageJ to analyse gray cast iron microstructure? For instance, the estimation of graphite flake length, volume fraction and size. If you need some images for the analysis, kindly let me know.

  • @kennedybarkhouse1027
    @kennedybarkhouse1027 6 หลายเดือนก่อน

    single-handedly saving me in the late stages in my master's once again. thank you sincerely so much for this content. <3