А.Н.Русакович "Секвенирование по Сенгеру..."/A.N.Rusakovich ”Sanger sequencing...”
ฝัง
- เผยแพร่เมื่อ 7 ต.ค. 2020
- Видеозапись общелабораторного семинара 08.10.2020 г. Артема Русаковича "Секвенирование по Сенгеру и анализ его результатов".
Секвенирование - молекулярно-биологическая методика, позволяющая определять аминокислотную или нуклеотидную последовательность биополимеров (белков/нуклеиновых кислот). Анализ ДНК организмов является одним из ключевых направлений молекулярно-биологических и генетических исследований. Его вариацией является секвенирование по Сенгеру.
На семинаре в общей форме пояснен принцип секвенирования по Сенгеру, а также подняты некоторые проблемы анализа его результатов. Более того, предложена идея разработки нового программного обеспечения, сочетающего в себе алгоритмические методы и машинное обучение для более быстрого и точного преобразования «сырых» данных в буквенную последовательность нуклеотидов. - วิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี
![[ЗШ 2017]: Секвенирование от А до Я: обзор высокопроизводительных методов](http://i.ytimg.com/vi/-UldUxGnpxQ/mqdefault.jpg)
Спасибо огромное! Наконец-то я поняла суть этого процесса ❤️
спасибо за объяснение секвенирования по Сэнгеру. Среди многих видео объяснений поняла только ваше
спасибо за лекцию, вопросы которые задавались очень точные. спасибо
Круто, спасибо за объяснение про механизм секвенирования и ответы на вопросы, я всё поняла
спасибо за лекцию!
Остался вопрос по праймерам - как можно заказать праймер, если последовательность оснований может быть не известна, а известна только длина? разве можно заранее знать последовательность оснований, особенно если речь идёт о длине в 100-800 оснований? И если известен праймер - то по нему и так понятна последовательность изучаемого участка ДНК.
И тут же следующий вопрос - а если нужно читать 8000 последовательностей, это нужно иметь 8 затравок по 800, как потом по завершению понять, как сшить данные 8 прогонов? Спасибо.
Отвечает Артем Русакович:
Исследования бывают разного формата. Иногда исследуется что то совсем большое а иногда что то относительно маленькое. Что я имею ввиду...
Можно найти в джунглях новый вид паука и (условно) считать что мы ничего не знаем о его ДНК. И тогда это будет формат исследований связанный с полногеномным секвенированием de novo (на человеческий - читаем ДНК вслепую). И в таком случае будет много своих нюансов. Секвенирование по Сенгеру о котором я тогда рассказывал это не то чтоб не связано с этим. Это в другую степь. Вопросы того как исследовать ДНК "непойми с какого места" решаемы но это отдельная большая история.
Если же перейти обратно к сенгеру и вопросу "а зачем собственно секвенировать то что мы и так знаем, ведь праймер известен?"... Да праймер действительно дизайнится на основании известных данных о ДНК, но праймер довольно короткий (примерно) 20 оснований.
Участок в допустим 1000 оснований должен иметь только два места для праймеров (1000 - 20 - 20 = 960) что оставляет довольно много места для неизвестного.
Но бывает и еще более непонятно. Вот например дрозофила (которую исследуют в моей группе). Генетически изучена вдоль и поперек (по крайней мере на уровне последовательности днк), однако существует такая вещь как мутации. Была муха - облучили - народились мушата без крыльев - мутация. Генетический материал при таком событии изменяется и становится "частично-неизвестным". Мы знаем что из себя представляет условный ген крыла (на самом деле их много) и какая у него последовательность, но мутация сделала кусочек неизвестным. Это может быть изменение вплоть до 1 основания (что при возможной длинне гена в например 10 000 оснований становится жалкой долей процента) но где это основание и что с ним не так мы не можем сказать не изучая ДНК. Таким образом мы используем праймеры которые предположительно находятся где то с права и слева от места изменения, ставим ПЦР, секвенируем, узнаем что там было.
В случае на счет протяженных участков для исследования... Используется несколько пар праймеров выбранных в соответствии с набором факторов. Факторы в текущем контексте значения не имеют, но вот пары праймеров да. Чем больше участок тем больше пар праймеров потребуется. Чтобы собрать "цельный" кусок потом праймеры заранее планируют так чтобы между отрезками днк которые они покрывают были перекрытия. Таким образом конец одного участка будет идентичен началу следующего и на этом основании можно делать вывод об общей картине
@@dlnpjinr Спасибо за ответ, теперь всё встало на свои места
Лектор нифига не умеет объяснять, достаточно аросто чказать что берется половина днк, праймеры, обычные нуклеотиды и нуклеотиды измененные, которые светятся разными цветами и которые останавливают репликацию. Все это замешивается, в результате получается много фрагментов разной длины, среди которых много отрезков с одинаковой длиной, далее надо их выстроить как пионеров по росту и посмотреть свечение каждой фракции.
Для чего секвенировать дконкретный участок гена? Если продукт или признак шинкуется в процессе сплайсинга, в конечном итоге?