Como VISUALIZAR MACROMOLÉCULAS? Um (não tão breve) tour pelo PyMOL
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- เผยแพร่เมื่อ 1 ต.ค. 2024
- Nesse vídeo, apresento os principais componentes da INTERFACE do software PyMol que utilizo para visualizar e analisar proteínas e suas interações com elas mesmas ou outras biomoléculas bem como estudar os possíveis impactos de mutações.
É nesta FLÉXIVEL e PODEROSA ferramenta que crio todas as figuras dos meus artigos e aulas também.
Se você se interessa pela Bioinformática / Biologia Estrutural, essa é uma uma ferramenta indispensável para você!
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Site do PyMol: pymol.org
Tutorial "PyMol Prático para Iniciantes" (em inglês): pymolwiki.org/...
Nossa, muito obrigado pelo vídeo. Estou cursando Engenharia Química e estou fazendo IC em bioinformática em uma instituição diferente da qual eu faço graduação. Em tempos de pandemia, um vídeo como esse faz muita diferença.
Olá professora, atualmente faço IC na área de Biofísica Computacional e utilizamos muito o software VMD no laboratório. Qual seria as vantagens e desvantagens entre o VMD e o Pymol ?
O VMD é um software para simulações de dinâmica molecular, visualização molecular, etc. O Pymol é mais para a parte de visualização. Ele até faz alguns cálculos como alinhamento, mas é mais para visualização e análise mesmo.
Olá. Vc sabe me dizer se o pymol pode modelar proteinas recombinantes?
Poxa eu quero fazer um curso com vc! Vc é tão didática. Tenho tantas dúvidas. Como eu faço para entrar em contato com vc!
Nosso curso, quando oferecido, fica disponível eh onlinebioinfo.dcc.ufmg.br
Meu contato é onlinebioinfo@dcc.ufmg.br
Video perfeito!! Muito obrigada, ajudou de forma impensavel!!
Que bom que ajudou! Fico muito feliz!
Estou amando a série de vídeos da playlist de Bioinformática estrutural, parabéns pelo trabalho, professora!
Obrigada!
Olá Raquel! Muito obrigada pelo vídeo. Gostaria de saber como seleciono pela linha de comando do pymol uma sequência de resíduos?
Excelente. Aula muto boa. Estou iniciando em modelagem e jáestou aprendendo muito com seus vídeos. Quero fazer seu curso.
Gostei do vídeo! Bem informativo! Estou tentando salientar Disulfide bonds para a minha proteína de estudo, é possível fazer isso com o Pymol? Obrigada
Sim, é possível sim!
Sim!
Olá! Como faço para mostrar a distância entre o ligante e um resíduo?
Obrigado pela aula. Muito boa.
Você faz curso?
Obrigada pelo vídeo. ajuda demais os acadêmicos de pós!!!
Obrigado pelo vídeo, está me ajudando muito com meus trabalhos acadêmicos!
Obrigado pelo vídeo. Estou iniciando o mestrado em modelagem molecular e os estudos com o Pymol
Ótima aula. Há mais algum video no canal
sobre o PyMol?
Vou providenciar! Tenho algumas ideias! Alguma sugestão em particular?
@@OnlineBioinfo Penso que, o que for possível para a senhora desenvolver seria ótimo.
Seus videos estão ajudando muito, iniciei meu mestrado no ramo de biologia computacional e está facilitando muito!! Obgg
Tenho apenas uma dúvida quanto a sua versão do PyMOL. Eu fiz o download do programa, e a minha versão está classificada como paga, então estou usando o free trial por 30 dias. Como a senhora conseguiu baixar a versão educativa?
Você tem que fazer um cadastro no site deles mas é tranquilo. Talvez precise de um e-mail institucional, da universidade onde estuda ;-)
Bom dia professora. queria saber: é possivel vizualizar sítio ativo e prever a estrutura de proteinas modificadas nesse programa?
É possível visualizar o sítio sim mas prever as estruturas não. Teria que usar outros métodos dependendo das estruturas homólogas serem disponíveis ou não.
Parabéns Pelo seu trabalho excelente
Muito Obrigada. Suas aulas são excelentes e nos ajudam muito.
Fico feliz em saber 🙌🏻
Grande professora.
excelente aula
Bons estudos!
parabéns professora, passarei a seguir teu canal.
Adorei o vídeo, muito informativo.
Professora (posso lhe chamar assim?), eu faço minhas pesquisas na área da bioinformática e até então eu utiliza o software chimera como visualizador, mas ele é muito limitado. Por essa razão estou tentando mudar para o pymol, mas não tive alguns problemas logo de cara, sendo eles:
1. Sempre que carrego a minha proteína ela aparece em formato de bastão e quando passo para o formato carton o meu ligante cocristalizado some.
2. Não sei como fazer para importar as poses, que calculei via docking molecular, junto da minha proteína.
Se puderes me ajudar eu serei eternamente grato!
Olá! Claro!
Você tem que ir usando os controles da lateral direita pra mudar a forma de visualização para cartoon ou outra. Vá no "S" de show e mostre cartoon por exemplo.
Com relação ao docking, qual o formato? O pymol lé pdb, cif, pse
Você terá que exportar, provavelmente, um arquivo pdb da sua ferramenta de docking.
@@OnlineBioinfo Eu consigo visualizar em carton, mas quando o faço o meu ligante cocristalizado some. O formato que eu salvei as poses de docking foi pdb.
Oi, tudo bem, eu poderia usar esse vídeo como material de um curso de biologia estrutural?
Claro, fique a vontade!
Adorei seu canal, já estou seguindo!
Como baixar ou salvar ela no formato de JPG ou PNG pra passar pro meu arquivo de word por exemplo?
Video muito bom! Consegui aprender várias coisas novas sobre o pymol.
Me veio apenas uma dúvida: quando tentei ver a interação entre uma proteína (coloquei para a proteína aparecer como sticks e cartoon) e um ligante após o docking, não apareceram as interação (as linhas ligando os resíduos que interagem com o ligante específico). Não tenho certeza se não há interações ou fiz algo errado no pymol.
Olá, tive a mesa dúvida
Usa o LigPlot para poder ver melhor as interações de saída do docking.
O PyMol não tem uma forma simples de exibir as interações. Tem que calcular "por fora". Sugiro ferramentas do meu grupo como
1 - bioinfo.dcc.ufmg.br/vtr/ para análises de interações proteína-proteína ou proteína-peptídeos
2 - bioinfo.dcc.ufmg.br/napoli/ para interações proteína-pequenas moléculas.
Ótimas, explicações. Penso que seria interessante um curso de extensão para manipulação do Pymol via scripts. Esta ferramenta é muito versátil.
Amo o PyMOL! Vou anotar aqui sua sugestão! Queremos um curso mais amplo na área de estruturas. O que acha?
@@OnlineBioinfo Concordo totalmente. Eu seria uma pessoa que iria fazer este curso. Estou bem interessado por estudos de bioinformática. Continuarei acompanhando seu canal e aguardando mais novidades.
@@OnlineBioinfo Penso ser uma excelente ideia. Há muito o que explorar com o Pymol. Talvez um curso de extensão universitária seria uma ótima ideia, tipo o que houve de progrmação.
Olá professora, tudo bem? Tem como abrir uma molécula feita no chemdraw no pymol?
Sou da área de programação, mas eu fiquei muito interessado no software e pesquisando descobri que é necessária uma aprovação dos responsáveis por ele para utilizá-lo, você pode me dar uma dica de como posso conseguir esse acesso. Pretendo no futuro fazer uma pós em Engenharia Química. Desde já agradeço.