Searching databases for protein identification - part 1

แชร์
ฝัง
  • เผยแพร่เมื่อ 3 ม.ค. 2025

ความคิดเห็น • 10

  • @gledaoci
    @gledaoci 7 ปีที่แล้ว

    Very nice explanation and good references!

  • @erynourika5218
    @erynourika5218 7 ปีที่แล้ว

    Great explanation. helps a lot

  • @shimonaahlawat5506
    @shimonaahlawat5506 3 ปีที่แล้ว

    Which software you have used for matching the fragment ion of peptide?

    • @mattpadula837
      @mattpadula837 3 ปีที่แล้ว

      They are mainly manually annotated. Otherwise, I have used Peaks Studio since v4.5 (~10+ years).

  • @leoalmeida2583
    @leoalmeida2583 2 ปีที่แล้ว

    Can you please name that 2010 paper?

    • @MatthewPadula
      @MatthewPadula  2 ปีที่แล้ว

      Can you be more specific?

    • @leoalmeida2583
      @leoalmeida2583 2 ปีที่แล้ว

      @@MatthewPadula I wanted to read the paper at 13:20 but I could not find it on the internet.

    • @MatthewPadula
      @MatthewPadula  2 ปีที่แล้ว +1

      @@leoalmeida2583 Nesvizhskii, A. I. (2010). "A survey of computational methods and error rate estimation procedures for peptide and protein identification in shotgun proteomics." J Proteomics 73(11): 2092-2123.

    • @leoalmeida2583
      @leoalmeida2583 2 ปีที่แล้ว

      @@MatthewPadula thank you very much. I started my journey into proteomics and your channel has been very useful.

    • @brookcommunitytheatre9368
      @brookcommunitytheatre9368 2 ปีที่แล้ว +1

      @@leoalmeida2583 Excellent. Don't be afraid to ask more questions. Either here or via email.