Secuenciación por Síntesis (Illumina): Conceptos Básicos
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- เผยแพร่เมื่อ 24 ก.ค. 2024
- Aprende los conceptos básicos de la secuenciación por síntesis (o secuenciación Illumina) en este vídeo.
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Vídeo de la empresa: • Overview of Illumina S...
Métodos de secuenciación de Illumina: www.illumina.com/techniques/s... - วิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี
te que reconocer que la explicación es 10/10 aun así sigue siendo un poco complejo pero asumo que es debido al tema, creo que si veo el video unos 10 veces entenderé por fin este método de secuenciación muchas gracias porque este video
Excelente trabajo Brandon, muchas gracias por tu dedicación y esfuerzo.
Muchas gracias, he entendido muy bien varias técnicas que explicas.
Es muy bueno tu video, cosas que no mencionan en otros videos en inglés y que nunca había comprendido, las entendí con tu video. Gracias por haberlo hecho.
Muchas gracias por la información, clara y completa.
Seguí haciendo videos como estos, son excelentes!!! Felicidades!
muchas gracias, sobre todo por hacerlo en español!!
Gran resumen. Muy útil! felicitaciones por el trabajo
Videos fantásticos, muchas gracias por tu esfuerzo!!!
Realmente, la mejor ayuda hasta el momento. Gracias!!!!!
Muchísimas gracias, excelente, me despejó un universo de dudas.
Muchas gracias Brandon por la ayuda de estos videos!!!!
Excelentes vídeos!! Muy educativos, felicidades!!
Super bien explicado, muchas gracias!
muchas gracias, tu video me explico en 6min lo que en 1hra no pudo el Dr. me gusta mucho tu canal
Muchas gracias maestro!! Muy buena explicación!!
Me gusta mucho la explicación del vídeo es sencilla de comprender, gracias por el video :)
Genial. Gracias, muy didactico, explicativo. No tenia conocimiento, haces del tema, algo mas fácil. Un abrazo.
Muchas gracias, es un muy buen video, sigue así!
Está increíble tu video!! Me ayudaste mucho, gracias!
Excelente vídeo, muchas gracias.
Definitivamente es un tema algo complejo, pero con las animaciones y la explicación del video me queda mucho más claro, gracias!
muchas gracias, es un tema muy complejo, pero esta muy bien explicado
Esta geniaaaaaaaaaal, gracias por el video!!
Sos lo máximo. Me encantan tus videos. Muchas gracias por compartir esta clase de contenido :)
¡Muchas gracias por tu respuesta!
El mundo necesita más gente como tú, gente que no le tema a los procedimientos complicados, muchas gracias!!!
¡Muchas gracias por semejantes palabras!
@@BrandonOrtizCasas Hola, cual es el punto de obtener hebra reverse si luego se va a cortar y lavar previo a la secuenciacion? gracias
Mil gracias !!! Súper prácticos
Muchas gracias por la explicación!
Grcaias por explicarlo tan bien en 22 sencillos pasos :3
Muchas gracias, excelente explicación
Excelente video, gracias, te ganaste una suscriptora, saludos desde Peru!
Mil gracias!
Muchísimas gracias!!!!
Excelente, y muy didáctico
Muy buen video Gracias!!!
Gracias por ayudarnos
Excelente explicacion, te pasaste
Muy buena explicación...
Excelente video! Gracias
Gracias por el video
Gracias, está genial
Excelente video!!!!
excelente, muchas gracias!
Muy buena explicación
Muchas gracias !!! Esta muy bienn
Muy útil video!
Buen vídeo :D me ha servido mucho
Muchas gracias
muy bueno !! graciaaas
Muchas Gracias
Gracias!
Muy buen vídeo!!!
grandes videos!
muchas gracias
Gracias por ayudarnos. Que bueno que sea en español.
¡Es un placer!
💖💖💖💖 gracias
Wow! excellent explanation!
Thanks for the kind words!
Que buen video
excelente
Muy bien, ayudó un montón!! uwu❤
Muy buen video
Muchas gracias crack!! Saludos
hoy volví a revisar este video para otra tarea y de nuevo, muchas gracias crack
Gran video amigo 👌🏽
Exelente
gracias
Estoy desde la cuenta de mi abuela pero igual me suscribo, gran vídeo deberías hacer mas le comentare a mis amigos de este canal :D
¡Te agradezco bastante! Estaré haciendo más contenido, pero pido un poco de paciencia por que estoy resolviendo algunos asuntos.
muy bueno
buen video
Gracias.-
Gracias por el video. Le he dado a like y me he subscrito. 5:40 Para su "póstumo" análisis es una mala traducción, debería ser análisis posterior. Póstumo se refiere a después de la muerte
Te agradezco la corrección!
No ma! Te amo :'v
Super
Yo sí estoy muy agradecida. Me gustaría que explicaras paso a paso por favor. También algunos términos como profundidad, cobertura, etc. ¿Qué son y para qué sirven los índices, qué tiene una celda de flujo, etc? Cómo saber si se pegaron los índices, etc.
Hola Andrea! Gusto saludarte. Si tienes varias preguntas que son un poco más desarrolladas, siempre puedes contactarme por mis redes sociales o correo, donde me sería más fácil contestar. ¡Saludos!
@@BrandonOrtizCasas Mil gracias; pero explicas muy bien y sería genial que en un video pusieras todos los pasos sin detalle y en otros vídeos cada detalle. Espero que te animes.
@@Andrea-sh9sn Gracias por tus palabras :) De momento me estoy recuperando de un momento difícil. Pero espero poder volver a lo que más me gusta. ¡Saludos!
Great
Thanks!
Hola amigo gracias por el video, también quisiera preguntar si de casualidad tendrás algo de información del "final report" que viene con los genotipos que entrega illumina como resultado
Francamente, no tengo nada, ya que no trabajo con esa plataforma. Pero si requieres algo en concreto, pudiera llegar a conseguirlo por parte de algún colega.
Hace varios meses que illumina empezó a vender la licencia del software que hace ese "final report". Ya que el equipo arroja las secuencias "crudas".
Sí desea hacer genotipificacion se necesita de todo un flujo de trabajo bioinformatico
Buen video, aunque creo que olvido mencionar algunos detalles que son importantes como son el uso de terminadores reversibles entre otros
¡Muchas gracias! En su momento llegué a pensar en ese concepto al momento de la síntesis, pero no supe como ilustrarlo :/ Quizá ponga un comentario mencionándolo.
Buenas!! si pudieras explicar ese detalle seria fantastico! saludos
Muuy buen video, tendrás alguno donde expliques que son los kamers?
Hola. Perdón, pero, ¿A qué te refieres con kamers?
@@BrandonOrtizCasas Lo siento quise decir Kmer
Pienso en algún día (más cercano que lejano, espero) hacer vídeos de bioinformática. Desde cosas sencillas como diseñar primers y hacer BLASTs, hasta análisis de genomas completos con Python usando algunos Pipeline Frameworks. Los n-gramas (o en este caso especifico, los K-mer) serán un pan de cada día.
Pero denme tiempo. Intento terminar una materia sin morir en el intento, hehe. Ya de por si estoy atrasado con otros videos
Cómo se protegen los extremos 3 ' en el proceso de brigde amplification
No me acuerdo exactamente bien y no quisiera mentir, pero estoy casi completamente seguro que es a través de métodos quimicos, usando alguna molécula tipo cianoetil tal como en los métodos de síntesis de oligos. Pero por favor checa.
Bueno
Hola! Muchas gracias por el video. Es muy claro pero aún hay algo que no entiendo. En el primer paso (2:40) que se amplifica el fragmento de ADN, no está ocurriendo lo mismo en simultáneo, para muchos fragmentos tanto forward como reverse? Qué es lo que cambia en la amplificación por puente, por qué es necesaria? Si me pudieran ayudar a entender eso sería genial!
Vaya... croe que llego algo tarde... ¿Aún te sirve saberlo? :(
@@BrandonOrtizCasas Para nada es tarde, aún me sirve mucho!
@@quebrachal Te puedo dar 2 razones que pudieran explicar esto. Nada más requiero un poco de tu imaginación.
1. Primero, imagina que la flow cell únicamente entrara 1 sola hebra de DNA. Esta llegaría a una secuencia complementaria pegada al sustrato, se amplificaría y formaría 2 cadenas completas, ¿No? Sin embargo, la cadena que polimerizamos está "pegada" al sustrato y no la puedes separar del mismo. Sin bridge amplification, esta no te serviría para nada. No es como en una PCR donde todo está "nadando" en un medio más o menos homogéneo. Además, hay algo que no mencioné en el video. Antes de la amplificación en puente, existe un lavado que remueve TODO lo que está en el medio y que no está pegado al sustrato (incluyendo nuestros templates de DNA originales que preparamos, como viste en el video). Lo que vas a amplificar es únicamente LO QUE ESTÁ PEGADO al sustrato. SI este fuera el caso, solo te queda para secuenciar 1 sola cadena pegada en el flow cell, y eso no está chévere.
Con bridge amplification, todas las secuencias que generaste en la primera amplificación te aseguras que se puedan usar para seguir clonando, sin separarlas del sustrato.
2. Los secuenciadores Ilumina no dejan de ser equipos ópticos que requieren medir luz, y como cualquier equipo óptico, sería óptimo medir las cosas "juntas en 1 solo lugar". Algo que no es tan obvio, es que con Bridge Amplification también controlas a "nivel espacial" donde estarán las hebras que vas a secuenciar.
Si vas a contar patos, es mejor tenerlos todos juntos en un corral que totalmente dispersos en un estanque.
Espero sirvieran las respuestas
@@BrandonOrtizCasas Super claro! No lograba entenderlo. Me ayudaste muchísimo, gracias por estar atento a las preguntas ☺
muy bien, Pero hace falta a parte 2 con mayor detalle y práctica
¿Qué considerarías importante para una parte 2?
Por favor, paso a paso; gracias.
En cuanto a tiempo sabes aproximadamente cuanto se tarda un equipo ilumina en hacer la secuenciacion, he leído que desde 18 horas y hasta 8 días ,no me queda claro Tienes información de eso? Te lo agradezco muy bien video gracias
Hola Karina. El "run time" depende de muchas cosas. Desde el equipo que se usa de Illumina (te paso un doc con los tiempos desglozados: emea.support.illumina.com/bulletins/2017/02/run-time-estimates-for-each-sequencing-step-on-illumina-sequenci.html).
Depende que quieres secuenciar (no es lo mismo un gen a un genoma), si es secuenciación de novo o no, etc.
Muchas gracias
Estos temas son tan complejos, pero ahi vamos
Siempre he tenido la duda . Sabes cómo es que se adaptan los olivos a la celda y hacer que perduren tanto tiempo ?
Te seré un tanto honesto. Entender esa pregunta requiere de conocimientos relativamente avanzados de microfabricación (además de que la patente de Illumina, al ser una patente, no es muy amigable de leer). Pero básicamente, buscan formar un gel un tanto complejo (PAZAM enriquecido con acrilamida libre de silano y BRAPA) dentro de ciertas zonas de la celda (en las cuales tendremos los oligos para la amplificación en puente). Para esto, usan una máscara fotolitográfica en la cual las zonas expuestas puedan sufrir una fotoreacción y crear el gel. En estas fases, se pueden añadir los oligos y se pueden quedar atrapados a través de interacciones covalentes, a través de interacciones con su oxígeno 3´o 5´, a través de interacciones iónicas, etc.
Puedes checar la patente US20120316086A1 si quisieras explorar un poco más, pero insisto que no es muy fácil de entender. Incluso a mi me cuesta entenderlo. Aún así, espero que fuera un tanto útil la explicación.
@@BrandonOrtizCasas Increiblemente detallada tu respuesta y ademas el dato de la patente es genial ! Muchas gracias por tu atención al detalle Brandon. Espero tu proyecto siga creciendo :)
ihinijmjm
Si no veo tu video, no entiendo artículos de fillogenomica jajjajaj
Gracias!