Olá Igor! Recomendo o livro: A Primer on QSAR/QSPR Modeling Fundamental Concepts do Roy (link.springer.com/book/10.1007/978-3-319-17281-1) Vc consegue acesso alternativo usando a plataforma certa...hehehe
Boa noite professora. Estou tendo um problema no smile. Estou trabalhando com moléculas inéditas, fiz o desenho e faz a análise no swissadmet me dando o smile da molécula. Esse sai perfeito, porém quando eu passo para o admet o smile gerado anteriormente o resultado é a mudança de algumas duplas ligações na molécula. Isso acontece também no admetlab 2.0. Tentei resolver utilizando o software avogrado e o openbabel, porém sem nenhuma solução do problema. O que a professora me sugere? Muito obrigado e parabéns por seu trabalho.
Olá Rodrigo, vc pode tentar gerar o SMILES no pubchem, mas pelo jeito é algum problema no ADMETlab. Veja se funciona com o código gerado no pubchem e me avisa, por favor! :)
Olá, Professora! Se o ponto azul estivesse na parte amarela do gráfico significaria que uma dada substancia apresenta alta capacidade de permear a barreira hematoencefálica e boa absorção intestinal ao mesmo tempo?
Bom dia, Bárbara! Temos que levar em conta que essas plataformas fornecem predições baseadas em um conjunto de treinamento que possui características estruturais diversas. Entretanto, se o fármaco em questão apresentar uma estrutura muito diferente do espaço químico do conjunto de treinamento, podem acontecer desvios de linearidade, que podem ocasionar falsos positivos ou falsos negativos. Por isso, a comparação com dados experimentais da literatura deve ser feita, sempre que possível. Quando se trata de uma molécula que não tenha informações disponíveis, é importante utilizar um conjunto de preditores diversificados (diferentes algoritmos), de preferência de várias plataformas distintas de modo a se obter um consenso. Espero ter ajudado no esclarecimento. Caso as dúvidas persistam, fique a vontade para perguntar. :)
@@barbaraetruri4249, é difícil, mas pode ocorrer. Como a glicoproteína P é um receptor transmembrana, o fármaco pode atuar como substrato ou pode interagir em algum sítio alostérico, ocasionando uma mudança conformacional, que bloqueie o canal. No entanto, lembre-se que são preditores, por isso, podem não ter a acurácia esperada ou pode haver discordância entre preditores de plataformas distintas. Então, veja se encontra algo similar a molécula em estudo na literatura para que possa inferir com mais certeza. Espero ter ajudado! :)
Professora, fui acompanhando o procedimento e eu desenhei a molécula num aplicativo chamado KingDraw e fiz o upload da molécula no SwissADME e ao comparar o código SMILE percebi que existe uma diferença e gostaria de saber o motivo dessa diferença, certamente o resultado também ficou diferente. Código gerado com o desenho do KingDraw: C[C@H](CS)C(=C)N1CCC[C@H]1C(O)=O Código gerado pelo PubChem e do vídeo: C[C@H](CS)C(=O)N1CCC[C@H]1C(O)=O No código do vídeo apresenta 3 átomos de Oxigênio, qual motivo dessa alteração?
1:40 prof, você sabe se há uma literatura ou livro que apresente essa explicação sobre o funcionamento das plataformas ADMET? Obrigado!
Olá Igor! Recomendo o livro: A Primer on QSAR/QSPR Modeling Fundamental Concepts do Roy (link.springer.com/book/10.1007/978-3-319-17281-1)
Vc consegue acesso alternativo usando a plataforma certa...hehehe
@@QFQMed Muito Obrigado, prof! Consegui via acesso alternativo haha. Seu canal é uma ajuda enorme para minha dissertação!
Olá professora, Boa noite, gostaria de saber se existe alguma plataforma ou progama para verifica a fase farmacêutica do fármaco
Olá, Luana! Infelizmente, não conheço. :/
Boa noite professora. Estou tendo um problema no smile. Estou trabalhando com moléculas inéditas, fiz o desenho e faz a análise no swissadmet me dando o smile da molécula. Esse sai perfeito, porém quando eu passo para o admet o smile gerado anteriormente o resultado é a mudança de algumas duplas ligações na molécula. Isso acontece também no admetlab 2.0. Tentei resolver utilizando o software avogrado e o openbabel, porém sem nenhuma solução do problema. O que a professora me sugere?
Muito obrigado e parabéns por seu trabalho.
Olá Rodrigo, vc pode tentar gerar o SMILES no pubchem, mas pelo jeito é algum problema no ADMETlab. Veja se funciona com o código gerado no pubchem e me avisa, por favor! :)
@@QFQMed Vou tentar e aviso sim. Muito obrigado por me responder.
Olá, Professora! Se o ponto azul estivesse na parte amarela do gráfico significaria que uma dada substancia apresenta alta capacidade de permear a barreira hematoencefálica e boa absorção intestinal ao mesmo tempo?
Isso mesmo :)
Bom dia, eu não entendi como um fármaco que existe apenas para via oral possui biodisponibilidsde oral negativa.
Bom dia, Bárbara! Temos que levar em conta que essas plataformas fornecem predições baseadas em um conjunto de treinamento que possui características estruturais diversas. Entretanto, se o fármaco em questão apresentar uma estrutura muito diferente do espaço químico do conjunto de treinamento, podem acontecer desvios de linearidade, que podem ocasionar falsos positivos ou falsos negativos. Por isso, a comparação com dados experimentais da literatura deve ser feita, sempre que possível. Quando se trata de uma molécula que não tenha informações disponíveis, é importante utilizar um conjunto de preditores diversificados (diferentes algoritmos), de preferência de várias plataformas distintas de modo a se obter um consenso. Espero ter ajudado no esclarecimento. Caso as dúvidas persistam, fique a vontade para perguntar. :)
@@QFQMed Agora seria outra dúvida: Como uma substância é inibidora e ao mesmo tempo substrato da PGP? Os valores são +++ e ++ respectivamente.
@@barbaraetruri4249, é difícil, mas pode ocorrer. Como a glicoproteína P é um receptor transmembrana, o fármaco pode atuar como substrato ou pode interagir em algum sítio alostérico, ocasionando uma mudança conformacional, que bloqueie o canal. No entanto, lembre-se que são preditores, por isso, podem não ter a acurácia esperada ou pode haver discordância entre preditores de plataformas distintas. Então, veja se encontra algo similar a molécula em estudo na literatura para que possa inferir com mais certeza. Espero ter ajudado! :)
Professora, fui acompanhando o procedimento e eu desenhei a molécula num aplicativo chamado KingDraw e fiz o upload da molécula no SwissADME e ao comparar o código SMILE percebi que existe uma diferença e gostaria de saber o motivo dessa diferença, certamente o resultado também ficou diferente.
Código gerado com o desenho do KingDraw: C[C@H](CS)C(=C)N1CCC[C@H]1C(O)=O
Código gerado pelo PubChem e do vídeo: C[C@H](CS)C(=O)N1CCC[C@H]1C(O)=O
No código do vídeo apresenta 3 átomos de Oxigênio, qual motivo dessa alteração?