Akash Mitra
Akash Mitra
  • 95
  • 304 073
Life in the cell culture laboratory | A PhD student's perspective | ft. Shanooja Shanavas
Here's a snapshot of the regular routine a cell/molecular biologist.
In the frame: Shanooja Shanavas (Instagram: @shanooja)
🕸Website - akashmitraa.github.io/personal-website/
👨🏻‍🎓My google scholar profile - shorturl.at/vKX23
📚My ebook database - www.notion.so/Books-for-Biology-e6fe0b4a1aa949c9bf77274224fe12a7
📸 akash_mitraa
🐤Twitter - akamitra20
🎵Study with me Playlist - open.spotify.com/playlist/6oN4dUzJJodHPy6acZsfqz
Who am I -
I am a 3rd Year PhD student working in the field of Muscle Biology. Visit /akashmitraa.github.io/personal-website/ to know more about me.
If you would like to talk about the video or anything in general, just drop a word on Instagram or if you have a really long question then shoot me an email at akamitra20@gmail.com. I would surely respond 😃
#cellculture #molecularbiology #muscle #scientist #cancerbiology
มุมมอง: 30

วีดีโอ

How to draw a lipid bilayer | Adobe Illustrator tutorial | Graphical Abstract
มุมมอง 42หลายเดือนก่อน
Here is a quick way to draw lipid bilayers of any capacity in just under 5 minutes 🕸Website - akashmitraa.github.io/personal-website/ 👨🏻‍🎓My google scholar profile - shorturl.at/vKX23 📚My ebook database - www.notion.so/Books-for-Biology-e6fe0b4a1aa949c9bf77274224fe12a7 📸 akash_mitraa 🐤Twitter - akamitra20 🎵Study with me Playlist - open.spotify.com/playlist/6oN4dUzJJodH...
RNAseq analysis using R programming | Part 3 | Creating a VOLCANO plot | #programming
มุมมอง 962 หลายเดือนก่อน
Part 1: Preparing the data files for analysis (th-cam.com/video/CoiAFOLZIbM/w-d-xo.html) Part 2: Using the DESeq2 package to run the analysis (th-cam.com/video/2xH65Ffk1qk/w-d-xo.html) 🕸Website - akashmitraa.github.io/personal-website/ 👨🏻‍🎓My google scholar profile - shorturl.at/vKX23 📚My ebook database - www.notion.so/Books-for-Biology-e6fe0b4a1aa949c9bf77274224fe12a7 📸 akash_mitr...
RNAseq analysis using R programming | Part 2 | Running DESeq2 package for analysis | #programming
มุมมอง 1102 หลายเดือนก่อน
RNAseq analysis using R programming | Part 2 | Running DESeq2 package for analysis | #programming Welcome to the second part of our RNA-seq analysis series! In this video, we take a deeper dive into RNA-seq data analysis using DESeq2. You'll learn how to import count data, set up your experimental design, filter low-expression genes, and perform differential expression analysis. We also cover v...
RNAseq analysis using R programming | Part 1 | Preparation of the data files | #programming
มุมมอง 1772 หลายเดือนก่อน
Welcome to the first part of our comprehensive tutorial series on RNAseq analysis using R programming! In this video, we’ll guide you through the essential steps to prepare your RNAseq data files for analysis. From downloading required packages to organizing and cleaning your datasets, we’ll cover everything you need to get started on the right foot. Whether you’re a beginner or looking to refi...
How to choose a statistical test | Normally distributed data | Inferential statistics | #howto
มุมมอง 233 หลายเดือนก่อน
A short animated video on how you can choose a statistical test. #anova #ttest #chisquaretest #correlation n #regression Subscribe to me Newsletter: akashmitra.substack.com/ 🕸Website - akashmitraa.github.io/personal-website/ 👨🏻‍🎓My google scholar profile - shorturl.at/vKX23 📚My ebook database - www.notion.so/Books-for-Biology-e6fe0b4a1aa949c9bf77274224fe12a7 📸 akash_mitraa 🐤Twitte...
How to use EndNote for adding citations in manuscript| Researcher hacks | Referencing and citations
มุมมอง 643 หลายเดือนก่อน
EndNote website: endnote.com/ My notion templates for academicians and students: Academic website for students - akashmitra.gumroad.com/l/academic-website-v2 Design portfolio - akashmitra.gumroad.com/l/notion-design-portfolio Academic resume - akashmitra.gumroad.com/l/notion-academic-cv 🕸Website - akashmitraa.github.io/personal-website/ 👨🏻‍🎓My google scholar profile - shorturl.at/vKX23 📚My eboo...
Gene expression analysis using the 'pcr' package in R programming | Coding in biology | R program
มุมมอง 1943 หลายเดือนก่อน
Link to the github repository: github.com/akashmitraa/R-tutorials.git Playlist of R videos: th-cam.com/video/9YDtD59UUck/w-d-xo.html&pp=gAQBiAQB 🕸Website - akashmitraa.github.io/personal-website/ 👨🏻‍🎓My google scholar profile - shorturl.at/vKX23 📚My ebook database - www.notion.so/Books-for-Biology-e6fe0b4a1aa949c9bf77274224fe12a7 📸 akash_mitraa 🐤Twitter - akamitra20 🎵S...
Codon search | #python | Bioinformatics | Looking for codons using basic python codes
มุมมอง 3108 หลายเดือนก่อน
Codon search | #python | Bioinformatics | Looking for codons using basic python codes
Loops in Python programming | while loop | for loop | step by step | for absolute beginners
มุมมอง 1838 หลายเดือนก่อน
Loops in Python programming | while loop | for loop | step by step | for absolute beginners
R programming for biological data analysis | Plotting a bar graph with p-values | Part-4
มุมมอง 169ปีที่แล้ว
R programming for biological data analysis | Plotting a bar graph with p-values | Part-4
R programming for biological data analysis | Performing statistical analysis | Part-3
มุมมอง 265ปีที่แล้ว
R programming for biological data analysis | Performing statistical analysis | Part-3
R programming for biological data analysis | Importing dataset and cleaning the data | Part-2
มุมมอง 201ปีที่แล้ว
R programming for biological data analysis | Importing dataset and cleaning the data | Part-2
R programming for biological data analysis | Setting up workspace and installing packages | Part-1
มุมมอง 224ปีที่แล้ว
R programming for biological data analysis | Setting up workspace and installing packages | Part-1
How to set Scale Bar using ImageJ software | Microscope | Imaging #howto #image
มุมมอง 27Kปีที่แล้ว
How to set Scale Bar using ImageJ software | Microscope | Imaging #howto #image
Vulva formation
มุมมอง 124ปีที่แล้ว
Vulva formation
Drawing a Phylogenetic Tree using PYTHON | Biopython tutorial | Bioinformatics
มุมมอง 4K2 ปีที่แล้ว
Drawing a Phylogenetic Tree using PYTHON | Biopython tutorial | Bioinformatics
Pathfinder Academy book review | Life science books | Latest edition
มุมมอง 14K2 ปีที่แล้ว
Pathfinder Academy book review | Life science books | Latest edition
#metabolism | Conversion of Pyruvate to Acetyl CoA | PDH Complex | Biochemistry
มุมมอง 2.2K2 ปีที่แล้ว
#metabolism | Conversion of Pyruvate to Acetyl CoA | PDH Complex | Biochemistry
#biopython #python | Sequence Alignment | Bioinformatics | Computational biology
มุมมอง 8K2 ปีที่แล้ว
#biopython #python | Sequence Alignment | Bioinformatics | Computational biology
#ChitChat Episode#1 | A chat with Sumona Garg | AIR 74 | CSIR NET 2022 life science qualified
มุมมอง 7212 ปีที่แล้ว
#ChitChat Episode#1 | A chat with Sumona Garg | AIR 74 | CSIR NET 2022 life science qualified
#Muscles | Anatomy of skeletal muscle | Musculoskeletal system | Physiology and Anatomy
มุมมอง 872 ปีที่แล้ว
#Muscles | Anatomy of skeletal muscle | Musculoskeletal system | Physiology and Anatomy
#Microbiology | Microbiological Culture Media | Microbiology | Types of media | PART 2
มุมมอง 692 ปีที่แล้ว
#Microbiology | Microbiological Culture Media | Microbiology | Types of media | PART 2
#Microbiology | Microbiological Culture Media | Microbiology | Types of media | PART 1
มุมมอง 1132 ปีที่แล้ว
#Microbiology | Microbiological Culture Media | Microbiology | Types of media | PART 1
#Allergy | Type 1 hypersensitivity | Allergic reaction mechanism | Immunology
มุมมอง 1392 ปีที่แล้ว
#Allergy | Type 1 hypersensitivity | Allergic reaction mechanism | Immunology
#Productivity | How to study better | The S.Q.A.T framework
มุมมอง 4103 ปีที่แล้ว
#Productivity | How to study better | The S.Q.A.T framework
#Biopython | How to get started | Bioinformatics | Computational biology
มุมมอง 30K3 ปีที่แล้ว
#Biopython | How to get started | Bioinformatics | Computational biology
#Biochemistry | Fluorescence Resonance Energy Transfer | FRET
มุมมอง 7203 ปีที่แล้ว
#Biochemistry | Fluorescence Resonance Energy Transfer | FRET
#Microbiology | How to calculate CFU/ml of bacterial solution | Viable Count Assay
มุมมอง 19K3 ปีที่แล้ว
#Microbiology | How to calculate CFU/ml of bacterial solution | Viable Count Assay
#MolecularBiology | Lac operon | PART - 3
มุมมอง 823 ปีที่แล้ว
#MolecularBiology | Lac operon | PART - 3

ความคิดเห็น

  • @manishamalhotra1612
    @manishamalhotra1612 2 วันที่ผ่านมา

    Keep going

  • @pradeepgowda5184
    @pradeepgowda5184 6 วันที่ผ่านมา

    Hi, I am unable to install the Deseq2 in R 4.2.2 version. Please let me know the alternative package, if available and compatible with R 4.2.2 .

  • @jay__2000
    @jay__2000 7 วันที่ผ่านมา

    Hi small question does the eye piece magnification impact on this scale or is it also included here with it?

    • @akashmitrabiology
      @akashmitrabiology 4 วันที่ผ่านมา

      That is already included. You can directly use it

  • @botanypoint4663
    @botanypoint4663 11 วันที่ผ่านมา

    Very helpful ☺️☺️☺️☺️

  • @Lifelens62431
    @Lifelens62431 13 วันที่ผ่านมา

    Kya endnote free main use kar sakte hai?

    • @akashmitrabiology
      @akashmitrabiology 2 วันที่ผ่านมา

      Nope. It’s paid. But there is a one-time payment for the lifetime access. And there is a student discount

  • @abhishekjaiswal9474
    @abhishekjaiswal9474 22 วันที่ผ่านมา

    Thank you. Nicely explained.

    • @akashmitrabiology
      @akashmitrabiology 14 วันที่ผ่านมา

      Thanks. Do share and like the video

  • @s.myousufuddin8608
    @s.myousufuddin8608 26 วันที่ผ่านมา

    Hi Bro! thank you for this video. could you please give me reference for 30x?? It'll be a great help. Thanks in advance

    • @akashmitrabiology
      @akashmitrabiology 14 วันที่ผ่านมา

      Hi. I am afraid I don’t have a reference for 30x. Do let me know if you find one

  • @aqiba
    @aqiba 28 วันที่ผ่านมา

    Please can you provide us 2nd volume of pathfinder book pdf I have 1st one but don't have 2nd volume please share the pdf

    • @zc.sarc1
      @zc.sarc1 10 วันที่ผ่านมา

      Can you share the pdf of the first one?

  • @aqiba
    @aqiba 28 วันที่ผ่านมา

    Can you provide us 2nd volume of pathfinder pdf please

  • @RethaSetiawan
    @RethaSetiawan หลายเดือนก่อน

    Thanks a lot for this tutorial! You helped me a lot!

  • @NabamitaRay-m9h
    @NabamitaRay-m9h หลายเดือนก่อน

    thanks a lot sir

  • @NitaFernandes
    @NitaFernandes 2 หลายเดือนก่อน

    Hi! Thank you so much for the help! Just wanted to add that you can export the image as tif, you just need to first go to Image>Overlay>Flatten. This will generate a new image: a duplicate where the scale is embeded. This new image can be exported as tif without losing the scale.

    • @akashmitrabiology
      @akashmitrabiology 2 หลายเดือนก่อน

      That’s fantastic. Thanks. I didn’t know that. I am pinning your comment for everyone to see. 😁

  • @chukeylhamubhutia6216
    @chukeylhamubhutia6216 2 หลายเดือนก่อน

    Thank you so much for this video. Your a life saver

  • @alexstepheny4487
    @alexstepheny4487 2 หลายเดือนก่อน

    Thank you so much, but If you can tell us how you arrived with the standard measurements that you uploaded or used for the video

    • @akashmitrabiology
      @akashmitrabiology 2 หลายเดือนก่อน

      Franky, I don’t remember from where I had acquired it. If I get the link, I will put it up on the community post

  • @drsam24183
    @drsam24183 2 หลายเดือนก่อน

    Thanks Akash Ji....Very Informative Video....

    • @akashmitrabiology
      @akashmitrabiology 2 หลายเดือนก่อน

      Thanks a lot! I am glad it helped

  • @mohammadsharifi7841
    @mohammadsharifi7841 2 หลายเดือนก่อน

    Hi, please make a video about checking quality of data with pca and hierarchical clustering when data is not separate between case and control samples

    • @akashmitrabiology
      @akashmitrabiology 2 หลายเดือนก่อน

      Sure. I will try to make one in future

    • @mohammadsharifi7841
      @mohammadsharifi7841 2 หลายเดือนก่อน

      ​@@akashmitrabiologythank you

  • @dhairyabhatt173
    @dhairyabhatt173 2 หลายเดือนก่อน

    IDLE gave me this error: Traceback (most recent call last): File "C:/Users/dkb13/OneDrive/Desktop/MC671/python/Prac_1.py", line 2, in <module> for sequence in SeqIO.parse("globin.fasta" , "fasta"): File "C:\Users\dkb13\AppData\Roaming\Python\Python312\site-packages\Bio\SeqIO\__init__.py", line 625, in parse return iterator_generator(handle) File "C:\Users\dkb13\AppData\Roaming\Python\Python312\site-packages\Bio\SeqIO\FastaIO.py", line 187, in __init__ super().__init__(source, mode="t", fmt="Fasta") File "C:\Users\dkb13\AppData\Roaming\Python\Python312\site-packages\Bio\SeqIO\Interfaces.py", line 64, in __init__ self.stream = open(source, "r" + mode) FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: 'globin.fasta'

  • @danielkwawuvi_tutorials
    @danielkwawuvi_tutorials 2 หลายเดือนก่อน

    This is wonderful.

    • @danielkwawuvi_tutorials
      @danielkwawuvi_tutorials 2 หลายเดือนก่อน

      Please, I have sent you an email requesting the reference image you used. Thank you.

  • @AbhiramSingh-nb3qu
    @AbhiramSingh-nb3qu 3 หลายเดือนก่อน

    Hi, thank you for this. I wanted to ask where you are getting the reference image from. Can you provide a reference for the reference image, perhaps somewhere in literature where this has been used? thank you

    • @akashmitrabiology
      @akashmitrabiology 3 หลายเดือนก่อน

      I actually don’t remember where I found the image. I got the image and checked it against an existing microscopic image with a scale bar that I had. It matched. Hence, I started using it.

  • @darkgaming6411
    @darkgaming6411 3 หลายเดือนก่อน

    That was e great lession ... Thanks a lot sir..... I'm a masters student in microbiology... This video helps me a lot ❤❤❤

    • @akashmitrabiology
      @akashmitrabiology 3 หลายเดือนก่อน

      I am glad the video could help you!

  • @deepikabhat.k6707
    @deepikabhat.k6707 3 หลายเดือนก่อน

    Nice one 🎉

  • @quickbiology5159
    @quickbiology5159 3 หลายเดือนก่อน

    i got key error with AUG methionine

  • @firstyanwilisabilowo7030
    @firstyanwilisabilowo7030 3 หลายเดือนก่อน

    excusme sir do you have a sample picture at 2:55 but with 400x magnification

    • @akashmitrabiology
      @akashmitrabiology หลายเดือนก่อน

      I am afraid I don’t have any 400x reference

  • @iremaktay5439
    @iremaktay5439 4 หลายเดือนก่อน

    Thank you, I am new and the video was really helpful

  • @spns8883
    @spns8883 4 หลายเดือนก่อน

    how can we get the reference image?

    • @akashmitrabiology
      @akashmitrabiology 3 หลายเดือนก่อน

      Please drop me an email at akamitra20@gmail.com

    • @aneesshahzad1817
      @aneesshahzad1817 2 หลายเดือนก่อน

      @@akashmitrabiology hello, please send the reference image already drop you an email. Thank you,

  • @manelialavioun552
    @manelialavioun552 4 หลายเดือนก่อน

    Thank you for the video. Can I use the refrence image for inverted microscope images which I took with my mobile camera?

    • @akashmitrabiology
      @akashmitrabiology 4 หลายเดือนก่อน

      Yes! You can use it.

    • @manelialavioun552
      @manelialavioun552 4 หลายเดือนก่อน

      Thank you. The last question, can I crop my images before adding the scale bar? Or it have effects on the measurements

    • @akashmitrabiology
      @akashmitrabiology 4 หลายเดือนก่อน

      @@manelialavioun552 you can set the scale according to the uncropped image. After that when you crop it it will adjust according to the aspect ratio

    • @manelialavioun552
      @manelialavioun552 4 หลายเดือนก่อน

      @@akashmitrabiology I've read somewhere that you can crop the image before setting the scale bar, you mean it is wrong? So I have to redo all again.

  • @haileydeckers
    @haileydeckers 4 หลายเดือนก่อน

    Thank you for the video. When I insert the scale bar from tools it shows in inches instead of microns, how can I adjust this?

    • @akashmitrabiology
      @akashmitrabiology 4 หลายเดือนก่อน

      Hi. All you need to do is change the units to um

    • @haileydeckers
      @haileydeckers 4 หลายเดือนก่อน

      @@akashmitrabiology I changed in the "set scale" settings, but I don't believe the conversion is correct as it would set scale bars of equal distances for 2 nm and 2um... My image is 1920x1440 pixels.

    • @akashmitrabiology
      @akashmitrabiology 4 หลายเดือนก่อน

      @@haileydeckers I am unable to understand over this conversation. Could you drop me an email and share your image?

  • @demigod4504
    @demigod4504 4 หลายเดือนก่อน

    This is gold. Thank so much Sir

  • @ScintillatingmomentswithViv
    @ScintillatingmomentswithViv 5 หลายเดือนก่อน

    Thank you Mr Akash, I am new here and have a question Does the resolution of my photomicrograph affect the magnification I would choose on the reference image

    • @akashmitrabiology
      @akashmitrabiology 5 หลายเดือนก่อน

      I don't think the resolution will be a factor because the magnification won't be affected

  • @serayzoratarhan2590
    @serayzoratarhan2590 5 หลายเดือนก่อน

    Thank you

  • @hediyeh_savari
    @hediyeh_savari 5 หลายเดือนก่อน

    Thank you!🤩

  • @athulkrishnanr1223
    @athulkrishnanr1223 5 หลายเดือนก่อน

    Hey, Akash... I have also mailed you. Can you pls check

    • @akashmitrabiology
      @akashmitrabiology 5 หลายเดือนก่อน

      Hi. Did I reply back to you?

  • @Am-yo4hx
    @Am-yo4hx 5 หลายเดือนก่อน

    thanks

  • @lpaut3519
    @lpaut3519 5 หลายเดือนก่อน

    Nice explanation, it was verry helpful

  • @flasardela
    @flasardela 6 หลายเดือนก่อน

    Hi Akash, thank you for the helpful video! I sent you an email to get the reference image, an you let me know if you received it please? Thank you!

    • @akashmitrabiology
      @akashmitrabiology 4 หลายเดือนก่อน

      Hi. Did I reply back to you on your email. If not, I am very sorry. Please send me another email.

    • @flasardela
      @flasardela 4 หลายเดือนก่อน

      @@akashmitrabiology Hi! I don't think I received your reply, so I just sent you a new email now. Thank you so much!

  • @vaishnav_ras_kirtan
    @vaishnav_ras_kirtan 6 หลายเดือนก่อน

    Hello sir, grate concept and i love to do biopython and your tutorial is very helpful to learn it . your website is not available, it shows 404 error.

    • @akashmitrabiology
      @akashmitrabiology 5 หลายเดือนก่อน

      You can check out my website at www.akashmitra.in I think it's running now.

  • @FredaSarkodie-tx2qk
    @FredaSarkodie-tx2qk 6 หลายเดือนก่อน

    Ha!! You just saved me 🎉❤ I love your class thanks for explaining this topic clearly to me

  • @AneeqaMunawar-ts6lg
    @AneeqaMunawar-ts6lg 6 หลายเดือนก่อน

    hi sir! kindly send me the reference image. I am greatly in need of it..

  • @thesunshine3804
    @thesunshine3804 6 หลายเดือนก่อน

    Thank you so much sir, your video really help me out🌼

  • @dewipuspita5917
    @dewipuspita5917 6 หลายเดือนก่อน

    can i have this image scale bar 1.000x ?

    • @akashmitrabiology
      @akashmitrabiology 5 หลายเดือนก่อน

      HI. Could you email me at akamitra20@gmail.com? I will send the image

  • @justinxu9593
    @justinxu9593 6 หลายเดือนก่อน

    Thank you. Just wondering, why does this reference image work for any type of microscope?

    • @akashmitrabiology
      @akashmitrabiology 6 หลายเดือนก่อน

      Because whichever microscope you use, 20x or 10x will be universal magnifications. The magnification of 20X in microscope 1 would be same as that of 20X in microscope 2. I hope this answers your question

    • @onimisibethel2802
      @onimisibethel2802 5 หลายเดือนก่อน

      ​@@akashmitrabiology please send me the reference image

  • @ITGIRL922
    @ITGIRL922 6 หลายเดือนก่อน

    after hours trying to find about imagej, finally. thank you for this video and the scale bar reference, sir. your audio is so clear, i can immediately understand what you say.

    • @akashmitrabiology
      @akashmitrabiology 6 หลายเดือนก่อน

      Really appreciate that. Glad I could help

  • @IranianVibess
    @IranianVibess 7 หลายเดือนก่อน

    Hello Can we use this reference image (all scales) for all of microscopic images including confocal microscope images?. Thank you

    • @akashmitrabiology
      @akashmitrabiology 7 หลายเดือนก่อน

      Yes. You can use this for any microscopic images including confocal

  • @shehzadahmed426
    @shehzadahmed426 7 หลายเดือนก่อน

    Thank you so much sir

  • @SaibabuDonga
    @SaibabuDonga 7 หลายเดือนก่อน

    Sir iam applying ap pgcet now I'm using this book for studying.

  • @molinaro-t3y
    @molinaro-t3y 7 หลายเดือนก่อน

    Can I use replit?

    • @akashmitrabiology
      @akashmitrabiology 7 หลายเดือนก่อน

      Yes you can. You have to install the dependencies on replit

    • @molinaro-t3y
      @molinaro-t3y 7 หลายเดือนก่อน

      @@akashmitrabiology I got No such file or directory: 'tree dnd'. How to upload it on replit?

  • @jenicaashleypantollana6104
    @jenicaashleypantollana6104 7 หลายเดือนก่อน

    Hello! I've sent you an email regarding the reference image, sir. Hope that you could address this. Thank you!

    • @akashmitrabiology
      @akashmitrabiology 7 หลายเดือนก่อน

      I think I emailed you back. Please let me know if I missed it

    • @flasardela
      @flasardela 5 หลายเดือนก่อน

      Hi @jenicaashleypantollana6104, if you received the image, could you also forward it to me please?

  • @maximopinela6957
    @maximopinela6957 8 หลายเดือนก่อน

    Muchas gracias por compartir tu conocimiento, saludos desde Ecuador.

  • @ayeeeppp
    @ayeeeppp 8 หลายเดือนก่อน

    Hi. If I have a protein dataset in fasta file and I wanted to filter them to fish out specific sequences that satisfies few characteristics, how should I do?

    • @akashmitrabiology
      @akashmitrabiology 7 หลายเดือนก่อน

      Interesting question! I think it’s possible using conditionals. You can check out my codon search video. That might give you some idea. I will have a look as well. Thanks for the idea.

    • @ayeeeppp
      @ayeeeppp 7 หลายเดือนก่อน

      @@akashmitrabiology Thanks. Using conditional helps!