Muy Buen vídeo gracias por compartir. Tengo un a duda estoy haciendo un NMDS con un base de abundancias pero al momento de correr me salé error en Bray Curtis probé a cambiar a distancia euclideana y si corren pero mi trabajo lo de hacer con Bray Curtis... A qué se debe aquello o como podría cambiar mi función...
Hola, excelente video me ayudo para comparar mis resultados que había realizado con PAST4, soló tengo una duda, cuando corro el biplot(PCA) en ves que salgan mis muestras/tratamientos en site scores, me sale como site1, ..x y al realizar el gráfico no salen los puntos, solo letras como site1...x., habrá algún código para solucionarlo? Gracias.
Si bien el indice de Bray-Curtis es de similitud, en vegan se maneja como medida de disimilitud. Para correr el nMDS, puede usar cualquiera de los indices o distancias, como euclidiana, Jaccard, o Bray Curtis. Pero antes debe hacerse esa matriz de comparaciones entre las muestras que toma como input el comando para el nMDS en este paquete.
Hola! Antes que nada agradecerte por estos videos, justo estoy haciendo un análisis para un suelo agrícola en la zona de Zarcero utilizando R, tengo una consulta, la cuestión es que cuando hago el biplot automáticamente me grafica los nombres de las parcelas de dónde hice el muestreo y no me aparecen los puntos como en el caso suyo, qué puedo hacer? Me interesa mucho que salgan los puntos para luego agrupar por color. Te agradezco mucho toda la ayuda. Un saludo,
Hola, puedes escribir el comando especifico donde quiere ver los puntos para ver que parte del video es o el tiempo del video en que ocurre eso. Saludos
hola muchas gracias por el video, tengo un problema al generar el PCA, no me nombra los sitios como los tengo categorizados, si no, me los nombra como site1, ...sitex. como puedo solucionar este problema y que salgan bien rotulados los sitios
Hola Gracias por el video, muy bien explicado. Una consulta estoy realizando un estudio de p y a de líquenes pero, al momento de realizar las correlaciones en R con Pearson el cluster no me deja crearlo porque me da este mensaje que no entiendo muy bien: "Error in hclust(correlacion, method = "single") : NA/NaN/Inf in foreign function call (arg 10)" . En algún mensaje de R después de varios intentos sin recordar que puse me salio que mi SD era cero, sera porque solo estoy trabajando con 0 y 1?
Parece que en una variable seguramente tienes valores iguales, seguro unos de alguna especie que está en todas las muestras, por eso le dice que tiene desviación estándar = 0. Podría cambiar por otro indice en vez de correlación, pero se entendería más cómo similitud. Se debería hacer una matriz de distancia entre las especies usando un indice por ejemplo jaccard o bray. Le indicaría cómo de similar ocurren las especies entre las muestras. tal vez si sus datos tiene las especies en las columnas y las muestras en las filas deben transponerse primero y que las especies estén en las filas y las muestras en las columnas. susdatos
@@jeffsibaja Una consulta podría usar algún método que utilice el P-value para saber la riqueza de especies con presencia y ausencia (0 y 1). Creo que Anova no me sirve porque trabajo con números binarios (0 y 1). Gracias por responder al anterior mensaje.
@@yenifertlipa Si lo que tienen es presencia de especies para diferentes puntos a comparar, el total de especies presente en cada punto lo puede comparar con otro con una prueba de chi-cuadradlo. Si lo que quiere es ver la comparcsión de la composición de especies entre puntos (con presencia ausencia), ocupa varias replicas por punto y podría usar un ANOSIM basado en Bray-Curtis o Jaccard como medidas de distancia (disimilitud).
Excelente video
Muy Buen vídeo gracias por compartir.
Tengo un a duda estoy haciendo un NMDS con un base de abundancias pero al momento de correr me salé error en Bray Curtis probé a cambiar a distancia euclideana y si corren pero mi trabajo lo de hacer con Bray Curtis... A qué se debe aquello o como podría cambiar mi función...
en vegan poniendo vegdist(m, method= "bray") sería Bray-Curtis para la matriz m.
¿Cómo es tu comando y Qué dice el mensaje de error que te devuelve R?
Hola, excelente video me ayudo para comparar mis resultados que había realizado con PAST4, soló tengo una duda, cuando corro el biplot(PCA) en ves que salgan mis muestras/tratamientos en site scores, me sale como site1, ..x y al realizar el gráfico no salen los puntos, solo letras como site1...x., habrá algún código para solucionarlo?
Gracias.
Hola... Gracias por el tutorial. Quisiera saber por qué es necesario crear una matriz de disimilitud con el método Bray-Curtis para hacer el NMDS? ...
Si bien el indice de Bray-Curtis es de similitud, en vegan se maneja como medida de disimilitud. Para correr el nMDS, puede usar cualquiera de los indices o distancias, como euclidiana, Jaccard, o Bray Curtis. Pero antes debe hacerse esa matriz de comparaciones entre las muestras que toma como input el comando para el nMDS en este paquete.
Hola! Antes que nada agradecerte por estos videos, justo estoy haciendo un análisis para un suelo agrícola en la zona de Zarcero utilizando R, tengo una consulta, la cuestión es que cuando hago el biplot automáticamente me grafica los nombres de las parcelas de dónde hice el muestreo y no me aparecen los puntos como en el caso suyo, qué puedo hacer? Me interesa mucho que salgan los puntos para luego agrupar por color.
Te agradezco mucho toda la ayuda.
Un saludo,
Hola, puedes escribir el comando especifico donde quiere ver los puntos para ver que parte del video es o el tiempo del video en que ocurre eso. Saludos
Muchas gracias por excelente video, ¿podría realizar un ejemplo para CCA?. Gracias.
Hola. ¿Qué puedo hacer si el comando "ordiellipse.." no se me representa en el gráfico pero sin embargo sí que se ejecuta sin errores? Un saludo.
hola muchas gracias por el video, tengo un problema al generar el PCA, no me nombra los sitios como los tengo categorizados, si no, me los nombra como site1, ...sitex. como puedo solucionar este problema y que salgan bien rotulados los sitios
Hola
Gracias por el video, muy bien explicado. Una consulta estoy realizando un estudio de p y a de líquenes pero, al momento de realizar las correlaciones en R con Pearson el cluster no me deja crearlo porque me da este mensaje que no entiendo muy bien: "Error in hclust(correlacion, method = "single") :
NA/NaN/Inf in foreign function call (arg 10)" .
En algún mensaje de R después de varios intentos sin recordar que puse me salio que mi SD era cero, sera porque solo estoy trabajando con 0 y 1?
Parece que en una variable seguramente tienes valores iguales, seguro unos de alguna especie que está en todas las muestras, por eso le dice que tiene desviación estándar = 0. Podría cambiar por otro indice en vez de correlación, pero se entendería más cómo similitud. Se debería hacer una matriz de distancia entre las especies usando un indice por ejemplo jaccard o bray. Le indicaría cómo de similar ocurren las especies entre las muestras.
tal vez si sus datos tiene las especies en las columnas y las muestras en las filas deben transponerse primero y que las especies estén en las filas y las muestras en las columnas.
susdatos
@@jeffsibaja Hola, pues mira tenia dos especies repetidas en las columnas. El código con bray me ha servido bastante. Te lo agradezco mucho.
@@jeffsibaja Una consulta podría usar algún método que utilice el P-value para saber la riqueza de especies con presencia y ausencia (0 y 1). Creo que Anova no me sirve porque trabajo con números binarios (0 y 1). Gracias por responder al anterior mensaje.
@@yenifertlipa Si lo que tienen es presencia de especies para diferentes puntos a comparar, el total de especies presente en cada punto lo puede comparar con otro con una prueba de chi-cuadradlo. Si lo que quiere es ver la comparcsión de la composición de especies entre puntos (con presencia ausencia), ocupa varias replicas por punto y podría usar un ANOSIM basado en Bray-Curtis o Jaccard como medidas de distancia (disimilitud).
Hola, pordias pasar el script, por favor.