Ti ringrazio per la pronta risposta Quindi la formula per calcolare la velocità iniziale ,usando la classica formula variazione della concentrazione di substrato fratto Intervallo di tempo in cui avviene tale variazione, quale dovrebbe essere?
Non se so sono stato efficace nel porre la domanda, se all inizio della reazione , cioè quando la reazione è appena iniziata, la % di substrato che ha reagito è così tanto piccola da essere trascurabile, cosa dovrei mettere al numeratore e cosa al denominatore per calcolare la velocità iniziale?
Questa è una bella domanda perché teoricamente la Vo è stata così concepita. In effetti con l'equazione di Michelis tu trovi la relazione quantitativa tra Vo e Vmax. Ma tu mi stai chiedendo usando la formula classica, non quella di Michelis noi abbiamo un delta ovvero variazione di concentrazione nel tempo ( delta t). Forse è una mia idea ma essendo un istante quello in cui la variazione di S è irrisoria si potrebbe usare al posto del delta la variazione istantanea quindi V0 = d(S)/d(t)
Si in effetti il concetto di velocità iniziale è sorto nel momento in cui ci si è resi conto della difficoltà di definire una velocità minima relativa alla reazione catalizzata dall'enzima. Questa difficoltà nasce dal fatto che la concentrazione di substrato non è costante ma varia nel corso della reazione mano mano che il substrato viene convertito in prodotto dall'enzima. Per questo si è pensato ad una situazione in cui la concentrazione di substrato è molto più grande della concentrazione dell'enzima, ovvero nelle fasi iniziali in cui è presente molto più substrato che enzima. In queste condizioni la concentrazione di substrato resta pressoché costante perché la sua variazione, dovuta alla conversione dell substrato in prodotto, nelle fasi iniziali è talmente irrisoria da essere costante
Nella velocità di formazione di ES (ovvero enzima-substrato) il complesso enzima substrato si forma dalla combinazione di E, ovvero l'enzima libero, + S ,ovvero il substrato; ragion per cui la velocità di formazione di ES sarà uguale a k1 *E * S. Ma Et ovvero l'enzima totale è la somma dell'enzima libero e dell'enzima che lega il substrato Et = E + ES. Con la formula inversa sai che E = Et - ES. Se sostituisci nella formula ad "E" Et - ES ottieni che la velocità di formazione di ES sarà uguale a k1 * (Et - ES) * S. Per la velocità di demolizione tu hai, invece, due possibilità, perciò due diverse costanti di velocità k-1 e k2, perché il complesso enzima-substrato può dissociarsi a ridare di nuovo l'enzima ed il substrato di partenza ma la reazione può anche avere successo e l'enzima trasforma l'S in P ovvero il substrato in prodotto e quindi in quel caso il prodotto si stacca immediatamente dell'enzima dando direttamente P prodotto libero ed E enzima libero.
@@molecular_lindo6142 ok perfetto quindi le hai poste uguali all'equilibrio quando formazione di ES e distruzione di ES avevano la stessa velocità giusto?
Sì esatto Ludovico hai capito bene. Poi tutti questi passaggi matematici che mi rendo conto sono complessi sono in ogni caso tutti finalizzati poi a dimostrare come si arriva alla nota e (dagli studenti), tanto temuta equazione di Michelis e Menten
Perché nella fasi iniziali noi abbiamo una quantità di P bassissima, quasi nulla, mentre invece sarà molto alta concentrazione di substrato S che tenderà a reagire con E a dare il complesso ES che poi darà E+ P. Ragion per cui nelle fasi iniziali abbiamo che l'equilibrio è spostato verso la formazione di E + P a partire da ES quindi la costante di velocità iniziale Vo sarà k2 * [ES] .
![Lineweaver-Burk plot (Enzyme Kinetics) - Vmax, Km & [S] - Biochemistry 🧪](/img/n.gif)
Complimenti per l'esposizione chiara ed esaustiva.
Spiegazione ottima, veramente d'aiuto.
Video perfetto
@@giuliorodi1851 ma grazie troppo gentile
Grazie mille per il chiarimento
Figurati anzi grazie per la domanda è stata molto intelligente e mi ha anche fornito un importante spunto di riflessione
Gentilissimo buonasera, saprebbe spiegarmi perché gli enzimi allosterici non seguono la cinetica di Michealis-Menten?
Ti ringrazio per la pronta risposta
Quindi la formula per calcolare la velocità iniziale ,usando la classica formula variazione della concentrazione di substrato fratto Intervallo di tempo in cui avviene tale variazione, quale dovrebbe essere?
Non se so sono stato efficace nel porre la domanda, se all inizio della reazione , cioè quando la reazione è appena iniziata, la % di substrato che ha reagito è così tanto piccola da essere trascurabile, cosa dovrei mettere al numeratore e cosa al denominatore per calcolare la velocità iniziale?
Questa è una bella domanda perché teoricamente la Vo è stata così concepita. In effetti con l'equazione di Michelis tu trovi la relazione quantitativa tra Vo e Vmax. Ma tu mi stai chiedendo usando la formula classica, non quella di Michelis noi abbiamo un delta ovvero variazione di concentrazione nel tempo ( delta t). Forse è una mia idea ma essendo un istante quello in cui la variazione di S è irrisoria si potrebbe usare al posto del delta la variazione istantanea quindi V0 = d(S)/d(t)
Ciao, mi sapresti dire , se possibile, una definizione di velocità iniziale, cioè v con 0?
Si in effetti il concetto di velocità iniziale è sorto nel momento in cui ci si è resi conto della difficoltà di definire una velocità minima relativa alla reazione catalizzata dall'enzima. Questa difficoltà nasce dal fatto che la concentrazione di substrato non è costante ma varia nel corso della reazione mano mano che il substrato viene convertito in prodotto dall'enzima. Per questo si è pensato ad una situazione in cui la concentrazione di substrato è molto più grande della concentrazione dell'enzima, ovvero nelle fasi iniziali in cui è presente molto più substrato che enzima. In queste condizioni la concentrazione di substrato resta pressoché costante perché la sua variazione, dovuta alla conversione dell substrato in prodotto, nelle fasi iniziali è talmente irrisoria da essere costante
Non ho ben capito il passaggio nella formazione della velocità di formazione e di distruzione di un enzima, cosa ci dice che sia uguale a quello?
Nella velocità di formazione di ES (ovvero enzima-substrato) il complesso enzima substrato si forma dalla combinazione di E, ovvero l'enzima libero, + S ,ovvero il substrato; ragion per cui la velocità di formazione di ES sarà uguale a k1 *E * S. Ma Et ovvero l'enzima totale è la somma dell'enzima libero e dell'enzima che lega il substrato Et = E + ES. Con la formula inversa sai che E = Et - ES. Se sostituisci nella formula ad "E" Et - ES ottieni che la velocità di formazione di ES sarà uguale a k1 * (Et - ES) * S. Per la velocità di demolizione tu hai, invece, due possibilità, perciò due diverse costanti di velocità k-1 e k2, perché il complesso enzima-substrato può dissociarsi a ridare di nuovo l'enzima ed il substrato di partenza ma la reazione può anche avere successo e l'enzima trasforma l'S in P ovvero il substrato in prodotto e quindi in quel caso il prodotto si stacca immediatamente dell'enzima dando direttamente P prodotto libero ed E enzima libero.
@@molecular_lindo6142 ok perfetto quindi le hai poste uguali all'equilibrio quando formazione di ES e distruzione di ES avevano la stessa velocità giusto?
Sì esatto Ludovico hai capito bene. Poi tutti questi passaggi matematici che mi rendo conto sono complessi sono in ogni caso tutti finalizzati poi a dimostrare come si arriva alla nota e (dagli studenti), tanto temuta equazione di Michelis e Menten
Non ho capito soltanto perché passiamo a V0= k2[ES] e come mai so che questa è la velocità iniziale
Perché nella fasi iniziali noi abbiamo una quantità di P bassissima, quasi nulla, mentre invece sarà molto alta concentrazione di substrato S che tenderà a reagire con E a dare il complesso ES che poi darà E+ P. Ragion per cui nelle fasi iniziali abbiamo che l'equilibrio è spostato verso la formazione di E + P a partire da ES quindi la costante di velocità iniziale Vo sarà k2 * [ES] .
La cinetica enzimatica è un fenomeno naturale, ma l'attivazione è un fenomeno si accelerazione di sintesi con consumo di energia
... aihmé... che tortura... chi capisce?