How to validate docking and display findings for 2D-QSAR: prepare, dock, and re-dock in detail
ฝัง
- เผยแพร่เมื่อ 1 ต.ค. 2024
- In this video, I will show how to validate docking and display findings for 2D-QSAR: prepare, dock, and re-dock in detail.
(1) AutoDock 4.2.6 / AutoDockTools 1.5.6 - Suite of Automated Docking Tools
Link: mybiosoftware....
(2) AutoDock Vina
Link: vina.scripps.e...
(3) Avogadro
Link: avogadro.cc/
(4) MOE
Link: drive.google.c...
(5) Discovery Studio
Link: discover.3ds.c...
**Data and code available here:
github.com/her...
Detail explain here: doi.org/10.101...
Link to download:
1) AutoDock 4.2.6 / AutoDockTools 1.5.6 - Suite of Automated Docking Tools
Link: mybiosoftware.com/autodock-4-2-3-autodocktools-1-5-6-suite-automated-docking-tools.html
2) AutoDock Vina
Link: vina.scripps.edu/downloads/
3) Avogadro
Link: avogadro.cc/
4) MOE
Link: drive.google.com/file/d/1X1c7l-U6yCGcsIElnzDPRw8nUMhsgioM/view
5) Discovery Studio
Link: discover.3ds.com/discovery-studio-visualizer-download
**Data and code available here:
(1) AutoDock 4.2.6 / AutoDockTools 1.5.6 - Suite of Automated Docking Tools
Link: mybiosoftware.com/autodock-4-2-3-autodocktools-1-5-6-suite-automated-docking-tools.html
(2) AutoDock Vina
Link: vina.scripps.edu/downloads/
(3) Avogadro
Link: avogadro.cc/
(4) MOE
Link: drive.google.com/file/d/1X1c7l-U6yCGcsIElnzDPRw8nUMhsgioM/view
(5) Discovery Studio
Link: discover.3ds.com/discovery-studio-visualizer-download
(6) github.com/herrynguyen1706/Selecting-the-best-molecular-descriptor
(7) Detail explain here: doi.org/10.1016/j.compbiolchem.2023.107872
Tuyệt vời 🎉cảm ơn bạn đã chia sẻ 🎉
cam on ban rat nhieu nhe
mong kênh bạn sớm đạt được 2k sub🤩🤩
cam on ban nhe
Thanks for sharing the best information on QSAR study
many thanks
Thank you for creating a great video
Thank you too
Thanks for the video @Dr. Henry Nguyen... Is it necessary to use all the softwares you used? Can't the same process be done with only 2 of these softwares?
You can use different software. However, you need to check your protein and ligand first.
thank you so much Dr. very informative and well explain😍
Many thanks. I hope it will help
Kiến thức thú vị quá. cảm ơn bạn đã chia sẽ cho mọi người cùng học hỏi
cam on ban rat nhieu nhe
Thank you for making a nice video
So nice of you
Tuyệt quá.bạn chia sẻ rất hay. Thank you for making a nice video
cam on ban rat nhieu nhe
Tuyệt quá.bạn chia sẻ rất hay, thank bạn!
cam on ban nhe
Kiến thức thú vị quá. cảm ơn bạn đã chia sẽ cho mọi người cùng học hỏi
cam on ban rat nhieu nhe
What a great video!!!!!!!!!!!1
many thanks
What a great video!!!!!!!!!!!
Glad you liked it!
I learned a lot from this video. I can perform docking by myself now.
Great. Hope it will help.
Hay quá, rất nhiều kiến thức bổ ích
cam on ban rat nhieu nhe
Tuyệt vời bạn chia sẻ rất hay và thú vị
Cam on ban nhe
It's good work, can I have this article for reference?
Thanks for kind responds. Here is my articles for your references: 1. doi.org/10.1016/j.compbiolchem.2023.107872 2. DOI: 10.1080/07391102.2023.2238068
anh Hải cho em hỏi em đang học docking nên lặp lại phân tích chất 25 của anh nhưng ra docking score là -6.1 ạ, em thao tác cùng lệnh cmd nhưng kết quả không lặp lại thì do đâu ạ? anh có email thì cho em xin để tiện được hỏi anh. E cám ơn anh.
Chào bạn, mỗi máy tính sẽ có kết quả hơi khác nhau 1 chút, nhưng không nhiều. Chắc bạn chưa fix protein before docking. Missing residue and atoms, and error in protein structures can explain this reason. Here is two my published papers, can you reference it. Hope it helps. doi: 10.1080/07391102.2023.2238068 and doi.org/10.1016/j.compbiolchem.2023.107872
@@duc-hainguyen8499 Em cám ơn anh đã trả lời ạ, em có làm hết các bước như anh hướng dẫn mà sau đó em lập lệnh nó chạy ra kết quả khoảng -6.8 nhưng nếu em lặp lại lệnh chạy thì nó lại ra kết quả khác ạ, -6.3. Nên em ko rõ làm như nàođể chuẩn nhất và được phép sai số ra sao ạ.
@@nhungdaothi719 neu ban da lam tat ca cac buoc roi ma van ket qua nhu the thi ban bao cao ket qua nhu the ban nhe. Ban chon model nao tot nhat de bao cao ban nhe. Ban lam tuong tu voi chat chuan (thuoc da duoc approval). Ban so sanh voi chat chuan (thuoc da duoc approval) thi ket qua cua ban se hop ly thoi. Chuc ban thanh cong.
Kiến thức hay
cám ơn bạn nhe
amazing bro
thanks
Video rất hay cám ơn b đã chia sẻ
cam on ban rat nhieu nhe
amazing
cam on ban rat nhieu
Thanks.
many thanks
good job.
Thank you! Cheers!
Nice
So nice
Very good knowledge, beautiful images, thank you very much channel owner
Thanks to you
good
Thanks
Good
So nice
Kiến thức rất hữu ích cho người dùng
cam on ban rat nhieu nhe
Video hữu ích tuy không thể hiểu hết tiếng anh hi
cam on ban nhe
Thank your information, it is interesting
Glad you think so!
Rất bổ ích. Cám ơn bạn chia sẻ
cam on ban rat nhieu nhe
cảm ơn b đã chia sẻ rất hữu ích❤
cam on ban nhe
It helps me a lot. Please make more videos.
many thanks
chia sẻ rất hay, cảm ơn b nhiều nha
cam on ban rat nhieu nhe
Thanks for your sharing.❤❤
You are so welcome
very useful, thank you
many thanks
Kiến thức chia sẽ rất hữu ích ạ
Cam on ban nhe
🎉🎉🎉
many thanks
kiến thức hay quá
cam on ban nhe
video rất hữu ích
cam on ban rat nhieu
Kiến thức hay quá
Cam on ban nhe
Video hay wa😊
cam on ban nhe
Video hay bạn ơi ❤❤❤
cam on ban rat nhieu
Best information bim
So nice of you
Chia sẻ hay lắm bạn
cam on ban rat nhieu nhe
Thank for sharing.
many thanks
cám ơn b đã chia sẻ!
cam on ban rat nhieu nhe
useful and healthy video 👍
cam on ban rat nhieu
video hay lắm
cam on ban rat nhieu
Hay quá bạn ơi !
cam on ban nhe
Hay quá bạn ơi
cam on ban nhe
Hay quá bạn ơi
Cam on ban nhe
Hai quá bạn ơi ❤
cam on ban nhe
Great ❤!
Glad you like it!
Good 👍👍
Thank you! Cheers!
Thật hữu ích
cam on ban nhe
Hay
cám ơn bạn nhe
Good
So nice
Kiến thức thú vị quá. cảm ơn bạn đã chia sẻ
Cam on ban nhe
Cảm ơn bạn đã chia se những kiến thức thật hữu ích.
Cảm ơn bạn rat nhieu nhe
Tuyệt vời 🎉cảm ơn bạn đã chia sẻ
cam on ban rat nhieu nhe
Tuyệt quá.bạn chia sẻ rất hay
cam on ban rat nhieu nhe
thank you for sharing some helpful information
Glad it was helpful!
Bổ ích quá ạ, cảm ơn bạn đã chia sẻ
cam on ban rat nhieu nhe
Cám ơn đã chia sẽ kiến thức hay ạ
cam on ban rat nhieu nhe
Tuyệt cảm ơn đã chia sẻ
many thanks
Tuyệt vời quá thầy ơi,
cam on ban nhe
Like, video very good
Thank you very much
cảm ơn bạn đã chia sẻ
cam on ban rat nhieu
Cảm ơn vì chia sẻ nha ad
cam on ban rat nhieu
Hay
cam on ban rat nhieu
❤❤❤❤
cam on ban rat nhieu nhe
Very nice ❤
Thank you! Cheers!
good
Thanks
good
Best
video hay
cam on ban rat nhieu
thanks bạn đã chia sẻ nhé
Cam on ban nhe
cũg lốgic
cam on ban nhe