Olá, boa tarde!! Conteúdo sensacional (como todos do canal). Uma dúvida de um não bioinformata (sem formação qualquer em BioMol): por que a transcrição foi feita com base na fita complementar e não na fita molde? Pensando se isso faz sentido biológico (principalmente com relação ao sentido 5' >> 3'). Parabéns a todos(as) pela disponibilização das aulas!
Olá, Pessoal. Tudo bem? No minuto 54:57, para visualizar o resultado do blast, rode as seguintes linhas de comando: ####################################### from Bio.Blast import NCBIWWW from Bio import SearchIO arq = SeqIO.read('exemplo.fasta', format='fasta') resultBlast = NCBIWWW.qblast('blastn', 'nt', arq.seq) blast_qresult = SearchIO.read(resultBlast, 'blast-xml') print(blast_qresult) ####################################### Ficou faltando isso na aula.. Abraço e bons estudos.
A palavra-chave pode estar em qualquer um dos vídeos do minicurso. É necessário assistir a todos para encontrar. Ela aparece na tela, juntamente com um sinal sonoro. A lista de presença estará disponível até as 18h. Caso você não tenha recebido o link para a lista no email, entre em contato com bioinfodiscentes@gmail.com
subsmat parece que não está mais disponivel, esta sendo substituído pelo Bio.Align.substitution_matrices
Olá, boa tarde!! Conteúdo sensacional (como todos do canal). Uma dúvida de um não bioinformata (sem formação qualquer em BioMol): por que a transcrição foi feita com base na fita complementar e não na fita molde? Pensando se isso faz sentido biológico (principalmente com relação ao sentido 5' >> 3'). Parabéns a todos(as) pela disponibilização das aulas!
Olá, Pessoal. Tudo bem?
No minuto 54:57, para visualizar o resultado do blast, rode as seguintes linhas de comando:
#######################################
from Bio.Blast import NCBIWWW
from Bio import SearchIO
arq = SeqIO.read('exemplo.fasta', format='fasta')
resultBlast = NCBIWWW.qblast('blastn', 'nt', arq.seq)
blast_qresult = SearchIO.read(resultBlast, 'blast-xml')
print(blast_qresult)
#######################################
Ficou faltando isso na aula..
Abraço e bons estudos.
Ótimas aulas, aprendi muitas coisas novas! Mas, ainda não encontrei a palavra chave rsrs
dá uma olhadinha lá pelos 41 minutos e 30 segundos desse vídeo ;)
Verdade, gostei bastante também! Aprendi coisas novas e revisei outras coisas. Mas é difícil acompanhar no colab e achar essa bendita palavra.
A palavra-chave pode estar em qualquer um dos vídeos do minicurso. É necessário assistir a todos para encontrar. Ela aparece na tela, juntamente com um sinal sonoro. A lista de presença estará disponível até as 18h. Caso você não tenha recebido o link para a lista no email, entre em contato com bioinfodiscentes@gmail.com