Nayarit cuenta con una vegetación tropical, bosques húmedos de montaña y de bosques de coníferas y encinos, también se encuentran selvas secas y semisecas (pastizales), bosques (sobre todo en la sierra de Los Huicholes), manglares de agua, entre otros.
En este estado puedes encontrar selvas secas, manglares, islas, y ambientes acuáticos; la fauna varía dependiendo del lugar en donde se encuentre. En las selvas secas encontramos venado cola blanca, boa, víbora de cascabel, sapito y salamandra, en manglares animales como el cocodrilo, murciélago, halcón y búho. Y por último en islas y ambientes acuáticos, la gaviota y pelícano, tiburón, mantarraya, delfín y ballena.
Nayarit posee importantes zonas designadas como Áreas Naturales, Protegidas (ANP) Entre ellas se encuentran:
Parque Nacional Islas Marietas: Fue designado Área Natural Protegida el 25 de abril del 2005; tres años después fue nombrado Reserva de la Biósfera por la Unesco, además de ser reconocido en 2004 como Sitio Ramsar (Humedal de importancia internacional por su biodiversidad y como hábitat de aves).
Islas Marías: La reserva natural Islas Marías es un ANP con carácter de Reserva de la Biósfera por la Unesco. Se trata de un archipiélago formado por cuatro islas, -Isla Madre, María Magdalena, María Cleofas y el islote San Juanito-, localizado en el océano Pacífico a 112 km de la costa de San Blas. El lugar contiene una gran cantidad de especies de flora y fauna, silvestres y endémicas, tales como el loro de las Islas Marías, el mapache de las Islas Marías, la boa de las Islas Marías y el papilio de las Islas Marías.
Isla Isabel: El Parque Nacional Isla Isabel, localizado frente a las costas de Santiago, Ixcuintla, fue la primer ANP designada en el estado de Nayarit. Es también una Reserva de la Biósfera al tratarse de un paraíso casi virgen, con una superficie montañosa que incluye acantilados y vistas panorámicas del océano Pacífico, además de haber sido designada como Sitio Ramsar por la Convención de Humedales y World Heritage.