Kenyatta est élu Premier ministre du Kenya le 1er juin 1963 dont il proclame l'indépendance le 12 décembre suivant. Un an plus tard, le 12 décembre 1964, il devient le premier président de la République et le demeure jusqu’à sa mort en 1978. Dès décembre 1963, des accords militaires signés avec Londres octroient aux Britanniques le droit d'utiliser le Kenya comme base militaire pour d'éventuelles opérations dans la région. Il met aussitôt fins aux espoirs des indépendantistes radicaux de redistribution des terres : les terres sont rachetés aux colons qui veulent partir et revendus aux Kényans qui en ont les moyens, les capitaux britanniques sont épargnés et les investissements étrangers encouragés. Le choix d'une économie de marché renforce une classe de capitalistes locaux au détriment des anciens rebelles, au sujet desquels Kenyatta déclare : « nous ne laisserons pas des gangsters diriger le Kenya, les Mau Mau étaient une maladie qui a été éradiquée et qu'il nous faut oublier à jamais ». Témoin de cette orientation, le journal conservateur britannique The Economist lui consacre en 1965 un article élogieux intitulé « Notre homme au Kenya ».
. Ses contemporains et pairs ont commenté le décès du « bien-aimé père de la nation Kenya National Archives (KNA), programme officiel… » en saluant sa figure. Pour Kenneth Kaunda, président de la Zambie, « il fut l’un des plus grands leaders, un homme et un héros de la lutte de libération africaine KNA, The Financial Times, 24 août 1978. ». Le commentaire du président de la Tanzanie voisine, Julius Nyéréré, est de la même eau : « Sans son travail et son leadership, notre lutte pour la liberté aurait été plus longue, plus dure et plus amère… il était une source d’inspiration pour des millions d’Africains qui ne l’avaient jamais vu, et renouvelait la force de tous les amants de la liberté qui avaient le privilège de le rencontrer. » C’est lors de la lutte pour l’indépendance (de 1952, date de la déclaration de l’état d’urgence, à l’indépendance le 12 décembre 1963) que s’est façonné le mythe Kenyatta si vivement remémoré par ces autres « pères de la nation ».