Su nombre actual procede del árabe Narija o Naricha, y es a su vez una derivación de un término romano. De época romana se encuentran diversos restos, como un tramo de la antigua calzada que uní­a Sexi (Amuñécar) con Caviclum (Torrox) y un puente que servirí­a de comunicación con la ciudad romana de Detunda (Maro).
Pero la presencia del hombre en estas tierras se remonta al Paleolí­tico Superior, como lo demuestran los restos humanos encontrados en la Cueva de Nerja.
En el siglo X se la describe como una gran alquerí­a en medio de un campo de moreras y frondosas huertas. Afamada por su producción de tejidos de seda de fina factura.
La villa se amparaba junto a un fuerte castillo, cuyos restos todaví­a se observan en el camino de Frigiliana.
Tras la caí­da de Vélez-Málaga en manos de las tropas de los Reyes Católicos, en 1487, Nerja se somete al dominio cristiano, y pasa a formar parte de Vélez desde 1501.
En 1509, y para defensa de la costa de los ataques de los piratas berberiscos, se termina la edificación de una fortaleza sobre un bastión rocoso que asoma al mar, donde actualmente se encuentra el Balcón de Europa.
El inmediato abandono de estas tierras por sus anteriores vecinos moriscos hará que pronto, hacia 1515, se haga repoblar con cristianos viejos procedentes de Vizcaya, Galicia, Valencia, Sevilla y otros puntos de Andalucí­a. En 1570 se produce la definitiva expulsión de los moriscos.
Otro episodio notable en la crónica histórica de Nerja se produce durante la Guerra de la Independencia, las tropas napoleónicas toman la villa y se emplazan una defensa costera en el castillo, que será destruido por la Armada inglesa en 1812.
También fue afectada la villa y su término municipal por el importante seí­smo, llamado el Terremoto de Andalucí­a, del 25 de diciembre de 1884; produciendo cuantiosos daños materiales. El 20 de enero de 1885, el rey Alfonso XII viajarí­a a Nerja y otros puntos de la Axarquí­a interesándose por los problemas causados por el terremoto.
Un nuevo impulso, que viene a cambiar definitivamente la fisonomí­a de Nerja y su término municipal, así­ como la actividad económica y la forma de vida de sus habitantes, se produce en la segunda mitad del siglo XX, cuando el progresivo desarrollo turí­stico, que se inicia en los años sesenta, transforma a esta localidad en una de las más sobresalientes del panorama turí­stico mediterráneo.
En 1990 se produce el hermanamiento con la ciudad italiana de Pescia.