当社は、建久年間（1190～1191年）に、源三位頼政公（安芸國加茂群西條郷領主）の室菖蒲ノ前が芸州知行せられる折の御遺言によって、元久年間（1204～1206年）に社殿を建立し、御祭神を観請したことが始まりと伝えられています。その際に、修理料として椎木山（現　二葉山）を寄進された為に、往時は椎木八幡宮と称されていました。

爾来、鎌倉～室町～戦国～江戸の世、兵乱等によって興亡を繰返しつつも、文政5年（1822年）頃の記録に依る当時は、広島城から東側・・・八丁堀以東全ての氏神とされていたと記されています。また、門守二神を奉斎、広島城隅・・・東北之鎮としていた安永4年（1775年）と記されています。

天保4年（1834年）2月隣地の明星院鎮國堂より出火、社殿等悉く類焼し、同年4月には仮社殿を建立、御遷座致しましたが、藩主より同社域に饒津神社造営を仰せ出され、同6年4月現在地へ所替えとなり（古くは、現饒津神社一の鳥居と二の鳥居の間-西側へ御鎮座していました）浅野家からの造営資金寄付と氏子中の勧請によって、安政3年（1856年）に再建全て成就致しました。

明治元年（1868年）朝令の神仏混淆御引分にもとづき、藩主浅野12代 長勲公の撰名により、神社背裏の山形が、鶴の羽根を広げた姿に似ている事から、社名を鶴羽根八幡宮と改め、同5年に鶴羽根神社へと改称、同時に、広島東部総氏神へ列せられ、同40年には神饌幣帛料供進社に指定されました。

昭和20年（1846年）の原爆投下の大惨事により、社殿一切は倒壊しましたが焼失を免れ、宮司を先導に氏子諸氏の熱意と努力を以って規模を縮し乍も一早く余燼の中から再建されました。一方、石鳥居・石ノ太鼓橋手水舎・唐獅子・石燈籠は難をのがれ、往年の姿のまま、ご参拝の皆様を静かに暖かく迎えて居ます。

永き年月、多くの人々を見守り続けた、鶴羽根皇大神様は平和な人世の出発を祝福する結婚式をはじめ、安産祈願・初宮詣・七五三詣・厄年厄祓等の人生儀礼、家内安全・交通安全・商売繁盛・病気平癒・合格祈願祭等、万般のことに亘って大変な御加護があり、またそのご神威を受けられ地鎮祭・竣工際・住宅店舗清祓等に於も、敬拝する人々は夫々にありがたい御神徳を頂いて居ります。