A Cooperativa Escolar São José (CESJ) tem como missão formar as crianças para o amor ao conhecimento. Nesta perspectiva tem como obrigação fazer com que os alunos sejam felizes. Para isso é necessário que o conhecimento seja transmitido de uma forma prazerosa, oferecendo o ensino de excelência à comunidade e propiciar condições para uma aprendizagem significativa, atualizada e eficaz, dando as competências, éticas, argumentação sólida e científica aos alunos.
Ainda tem a missão de contribuir para a formação de cidadãos conscientes e preparados para o exercício da vida profissional e para os desafios do mundo moderno em obediência às exigências de globalização. podendo contribuir consequentemente para a elevação do nível do ensino-aprendizagem na Guiné-Bissau.