CzWA sdružuje odborníky, společnosti a instituce s hlavním cílem dosažení efektivního a udržitelného rozvoje v celé oblasti vodního hospodářství a ochrany vodního prostředí. Předmětem činnosti CzWA je zejména:

výměna poznatků a zkušeností jak mezi členy, tak i s odborníky mimo členskou základnu
odborná výchova vlastních členů i odborníků nečlenů
přenos odborných poznatků ze zahraničí do ČR
vydávání odborných publikací a dalších materiálů v tištěné i el. podobě
organizace seminářů, kolokvií, školení, konferencí, výstav a odborných exkurzí
aktivní účast při normotvorné a metodické činnosti
reprezentace členů CzWA v českých a zahraničních sdruženích stejného či obdobného odborného zaměření a aktivní spolupráce s těmito sdruženími
spolupráce s orgány veřejné a státní správy
podpora požadavků svých členů, jenž jsou v souladu s etickým kodexem CzWA
poskytování expertních, poradenských a konzultačních služeb