Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Ambon adalah salah satu Perguruan Tinggi Keagamaan Islam Negeri (PTKIN) yang ada di Ibukota Provinsi Maluku, yakni Kota Ambon. IAIN Ambon fokus dalam bidang pendidikan dan kependidikan, yang mencakup pengembangan sumber daya manusia kesarjanaan, baik itu jenjang S1 maupun S2. Saat ini, IAIN Ambon juga sedang dirancang untuk ditingkatkan menjadi Universitas Islam Negeri Ambon, dan sekaligus menjadi Universitas Negeri Islam, pertama di wilayah Indonesia Timur, yang mencakup, Maluku, Maluku Utara, Papua, dan Papua Barat.