2150年6月25日。人類に残された数少ない生存圏、ハワイ島がフェストゥムに襲われた。
新国連は交戦規定アルファを発令し、生存者もろとも島を焼き尽くした。
その爆心地近くでナレイン将軍はひとりの少女を発見する。彼女は1体のフェストゥムに守られていた。
それから1年後。竜宮島は以前と変わらぬ平和な日々を送っていた。
来主操との対話以降、島は再び世界から姿を消し、一騎たちもファフナーを降り、後輩の広登らが防衛の要となっていた。
だが、1機の輸送機が島を訪れた事で、彼らはまた戦いに巻きこまれていく……！