FSL Course
FSL Course
  • 70
  • 398 985
Probabilistic Functional Modes (PFM) pre-practical video
Probabilistic Functional Modes (PFM) pre-practical video
มุมมอง: 476

วีดีโอ

MRS 5: FSL-MRS Tools
มุมมอง 523ปีที่แล้ว
MRS 5: FSL-MRS Tools
MRS 4: Data Quality
มุมมอง 280ปีที่แล้ว
MRS 4: Data Quality
FSLnets practical intro (updated 2023)
มุมมอง 534ปีที่แล้ว
This updated FSLnets practical intro video shows the new python implementation of FSLnets.
Probabilistic Functional Modes (Part 3)
มุมมอง 1.1K3 ปีที่แล้ว
Probabilistic Functional Modes (Part 3)
Probabilistic Functional Modes (Part 1)
มุมมอง 1.3K3 ปีที่แล้ว
Probabilistic Functional Modes (Part 1)
Probabilistic Functional Modes (Part 2)
มุมมอง 7003 ปีที่แล้ว
Probabilistic Functional Modes (Part 2)
MRS_2
มุมมอง 1.8K3 ปีที่แล้ว
MRS preprocessing
MRS_3
มุมมอง 1.3K3 ปีที่แล้ว
MRS model fitting
MRS_1
มุมมอง 2.7K3 ปีที่แล้ว
Intro to MRS
11. FMRI1: Introduction to Task FMRI Experiments and Analysis (Fmri1 E1)
มุมมอง 7K4 ปีที่แล้ว
11. FMRI1: Introduction to Task FMRI Experiments and Analysis (Fmri1 E1)
7. Segmentation: FAST (Struc E1)
มุมมอง 7K4 ปีที่แล้ว
7. Segmentation: FAST (Struc E1)
22. FMRI3: Pipeline Overview (Fmri3 E1)
มุมมอง 2.3K4 ปีที่แล้ว
22. FMRI3: Pipeline Overview (Fmri3 E1)
8. Segmentation: Subcortical Brain Structures and FIRST (Struc E2)
มุมมอง 5K4 ปีที่แล้ว
Subcortical Brain Structures and FIRST
5. Registration: EPI Distortion Correction and Registration (Reg E5)
มุมมอง 8K4 ปีที่แล้ว
EPI Distortion Correction and Registration
26. FMRI3: Advanced Analysis, Factorial Designs and Interactions (Fmri3 E5)
มุมมอง 1.8K4 ปีที่แล้ว
FSL FMRI Advanced Analysis, Factorial Designs and Interactions
2. Registration: Image Spaces and Spatial Transformations (Reg E2)
มุมมอง 18K4 ปีที่แล้ว
Image Spaces and Spatial Transformations
16. FMRI2: Examples of Group FMRI Analysis (Fmri2 E2)
มุมมอง 3.3K4 ปีที่แล้ว
Examples of Group FMRI Analysis
9. Segmentation: White Matter Hyper-intensities and BIANCA (Struc E3)
มุมมอง 5K4 ปีที่แล้ว
9. Segmentation: White Matter Hyper-intensities and BIANCA (Struc E3)
12. FMRI1: Preprocessing (Fmri1 E2)
มุมมอง 7K4 ปีที่แล้ว
12. FMRI1: Preprocessing (Fmri1 E2)
33. Resting State: Network Modelling Analysis, Node Definition and Edge Calculation (Nets E2)
มุมมอง 3.2K4 ปีที่แล้ว
33. Resting State: Network Modelling Analysis, Node Definition and Edge Calculation (Nets E2)
10. Segmentation: Structural Analysis using FSL VBM and SIENA (Struc E4)
มุมมอง 8K4 ปีที่แล้ว
10. Segmentation: Structural Analysis using FSL VBM and SIENA (Struc E4)
18. FMRI2: Inference, Null Hypothesis Testing, and Multiple Comparisons (Fmri2 E4)
มุมมอง 2.6K4 ปีที่แล้ว
18. FMRI2: Inference, Null Hypothesis Testing, and Multiple Comparisons (Fmri2 E4)
13. FMRI1: Introduction to Single Session Analysis and GLM Basics (Fmri1 E3)
มุมมอง 6K4 ปีที่แล้ว
13. FMRI1: Introduction to Single Session Analysis and GLM Basics (Fmri1 E3)
14. FMRI1: Modelling and Statistics (Fmri1 E4)
มุมมอง 4K4 ปีที่แล้ว
14. FMRI1: Modelling and Statistics (Fmri1 E4)
4. Registration: Single Stage and Multi-Stage Applications (Reg E4)
มุมมอง 8K4 ปีที่แล้ว
4. Registration: Single Stage and Multi-Stage Applications (Reg E4)
3. Registration: Cost Functions, Interpolation and Masks (Reg E3)
มุมมอง 10K4 ปีที่แล้ว
3. Registration: Cost Functions, Interpolation and Masks (Reg E3)
21. FMRI2: Threshold Free Cluster Enhancement and False Discovery Rate (Fmri2 E7)
มุมมอง 3.2K4 ปีที่แล้ว
21. FMRI2: Threshold Free Cluster Enhancement and False Discovery Rate (Fmri2 E7)
20. FMRI2: Parametric Vs. Non-parametric Tests (Fmri2 E6)
มุมมอง 2.5K4 ปีที่แล้ว
20. FMRI2: Parametric Vs. Non-parametric Tests (Fmri2 E6)
15. FMRI2: Group Analysis, Fixed/Mixed Effects, FLAME and OLS (Fmri2 E1)
มุมมอง 4.6K4 ปีที่แล้ว
15. FMRI2: Group Analysis, Fixed/Mixed Effects, FLAME and OLS (Fmri2 E1)

ความคิดเห็น

  • @MehranZare-Bidoky
    @MehranZare-Bidoky 15 วันที่ผ่านมา

    Again, thanks for this great session and the entire course. I was wondering if I got this concept wrong about ISI, 8:10. Isn't it about the duration between the offset of a stimulus and the onset of the new one, meaning the time that nothing happens (in this case, showing the null event)? But in the video, as I inferred, it is said ISI is the time that each event takes place (which I thought it is called event/stimulus duration instead)

  • @interwebzful
    @interwebzful 19 วันที่ผ่านมา

    who's the presenter?

  • @MehranZare-Bidoky
    @MehranZare-Bidoky หลายเดือนก่อน

    The videos are literally great. Thanks for the easy to follow, yet detailed explanations. 5:59 was hilarious😂

  • @monkeyjessi
    @monkeyjessi หลายเดือนก่อน

    Excellent lecture! I love how you illustrated on the core concept of what ICA does.

  • @shahrokhabbasirad2223
    @shahrokhabbasirad2223 2 หลายเดือนก่อน

    Amazing video. Thank you so much. Specially the demonstration of dispersion and absoprtion.

  • @xinlanzhang-o9r
    @xinlanzhang-o9r 3 หลายเดือนก่อน

    thanks for sharing!

  • @Vincen.c
    @Vincen.c 7 หลายเดือนก่อน

    For me it's stuck at 0% when it comes to this line: "Installing FSL into /Users/fsl..." No progress after half an hour has passed. I'm on Sonoma.

  • @irenakavrakova3801
    @irenakavrakova3801 8 หลายเดือนก่อน

    I get an error, when I type python "/mnt/c/Users/<WindowsUserName>/Downloads/fslinstaller.py" that phyton is not found

  • @prrk105
    @prrk105 8 หลายเดือนก่อน

    Thank you!! It helps a lot!!😁

  • @delfinalahitouherlyn5735
    @delfinalahitouherlyn5735 9 หลายเดือนก่อน

    Amazing talks!

  • @vismayap5373
    @vismayap5373 9 หลายเดือนก่อน

    Thanks for the video sir. But im stuck after the installation while typing fslmaths/fsl it shows this - "You need to set the FSLDIR environment variable to point to the FSL installation directory before you can run anything." CAN ANYONE HELP ME

  • @yasminemustafa8901
    @yasminemustafa8901 10 หลายเดือนก่อน

    Any sources please for the math and derivations behind it?

  • @Studentofgosset
    @Studentofgosset 10 หลายเดือนก่อน

    Trying to work out if the accent New Zealand, Australian, or either and influenced by time spent in England.

  • @tinAbraham_Indy
    @tinAbraham_Indy 10 หลายเดือนก่อน

    Perfect lecture. Thank you for this comprehensive explanation of tractography.

  • @mohadesehzamani3265
    @mohadesehzamani3265 11 หลายเดือนก่อน

    every time i try intalling fsl it fails:(

  • @Sunchi131
    @Sunchi131 ปีที่แล้ว

    Really Helpful, Thanks!

  • @sharifehhoseyni854
    @sharifehhoseyni854 ปีที่แล้ว

    I've just followed the scripts you run, but after the second session, I faced an index error: list index out of range but you didn't face this error How can I fix it?

  • @Dhelectro
    @Dhelectro ปีที่แล้ว

    Some updates for window 10. sudo apt install python3 alias python='python3' (Set alias ) export display did not work for window 10. Then I tried export DISPLAY=:0 It worked.

  • @norrati8999
    @norrati8999 ปีที่แล้ว

    顶不住了,这口音,快死了

  • @tomislavzg742
    @tomislavzg742 ปีที่แล้ว

    Is there any disease in which water starts to recede from some body structures?

  • @mirashahh789
    @mirashahh789 ปีที่แล้ว

    Thank you so much for this. These videos are amazing. You have explained in very simple terms and easily digestible for a beginner in FSL.

  • @MilkaWaniak
    @MilkaWaniak ปีที่แล้ว

    Hello, I followed the updated instructions from the website and also watched this video, but I am unable to run fsleyes command and get this error: "mwaniak@DESKTOP-43L11BF:~$ fsleyes Traceback (most recent call last): File "/home/mwaniak/fsl/bin/fsleyes", line 6, in <module> from fsleyes.filtermain import main File "/home/mwaniak/fsl/lib/python3.11/site-packages/fsleyes/__init__.py", line 374, in <module> from fsleyes.main import embed, shutdown # noqa ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ File "/home/mwaniak/fsl/lib/python3.11/site-packages/fsleyes/main.py", line 35, in <module> import wx File "/home/mwaniak/fsl/lib/python3.11/site-packages/wx/__init__.py", line 17, in <module> from wx.core import * File "/home/mwaniak/fsl/lib/python3.11/site-packages/wx/core.py", line 12, in <module> from ._core import * ImportError: libXxf86vm.so.1: cannot open shared object file: No such file or directory". I can run fsl command which opens the program though. Do you know what could be causing an error?

  • @Samavadaveda
    @Samavadaveda ปีที่แล้ว

    I wish the voice was clearer!

  • @swatijain8802
    @swatijain8802 ปีที่แล้ว

    Hi, I have installed on windows 11. I have even downloaded Xming. However, when I run the fsleyes command, I get the following error Unable to access the X Display, is $DISPLAY set properly? Any ideas?

    • @taherehh851
      @taherehh851 9 หลายเดือนก่อน

      I have the same problem did you solve it?

  • @subhashiskar4403
    @subhashiskar4403 ปีที่แล้ว

    can I get this ppt?

  • @sufia2151
    @sufia2151 ปีที่แล้ว

    Thank you this is very helpful! Are there communities in which the ICA maps of the data I am working on can be discussed with some experienced researchers?

  • @navisingh9394
    @navisingh9394 ปีที่แล้ว

    what is a b value?\ great video, thanks!

    • @hosseinrafipoor8784
      @hosseinrafipoor8784 ปีที่แล้ว

      Hi Navi, b-value is the level of sensitivity to diffusion, the higher the b-value the signal decay faster for diffusion along the direction of gradient. Its value is decided when the data is acquired and it will be given to you along with the diffusion images. A diffusion dataset might have one or multiple b-values depending on the intended applications.

  • @yazar8
    @yazar8 ปีที่แล้ว

    This video and the tutorial needs to be updated. For example, "python" is no longer an available Linux package. For Windows 10, there is no need to use XLaunch as WSL2 supports GUI on the latest Windows version. For Windows 11, GUI is enabled by default.

  • @annielafleur9423
    @annielafleur9423 ปีที่แล้ว

    where can I take the data? i didnt get it

  • @SeverelyLesionedDorsolateraPFC
    @SeverelyLesionedDorsolateraPFC ปีที่แล้ว

    The mixture sounds were screams from hell

  • @fragilis_mal3485
    @fragilis_mal3485 ปีที่แล้ว

    Anyone knows how to install FLS in a virtual box Linux? My main operating system is windows 10 and I have a virtual box with Ubuntu. I cannot make sense from the wiki page so far, starting with whether I should follow the Linux instructions or the windows virtual machine ones.

  • @Michael-il8ls
    @Michael-il8ls ปีที่แล้ว

    woudn't FNIRT + MNI atlas Thalamus mask do the same trick?

    • @hosseinrafipoor8784
      @hosseinrafipoor8784 ปีที่แล้ว

      Hi Michael, Yes, you are correct in that registering an atlas mask to the native space can yield a Thalamus (or other structures) mask, as this is the main motivation for "FIRST." However, the problem is that this approach relies solely on the information included in the nonlinear registration to reconstruct the subcortical structures, and therefore it would likely lose a lot of individual variances in the process. The biggest benefit with FIRST, in my opinion, is that using this shape analysis you can reconstruct the structures while keeping more of the individual variation. Also, it can also be useful with vertex analysis, which is not straightforward with a volumetric mask.

  • @Michael-il8ls
    @Michael-il8ls ปีที่แล้ว

    I am trying to align rat brain fMRI to P56 Atlas template. And I'm not quite satisfied with the result. What are the tips for rat brains? And more importantly, how can I manually edit transformation matrices, delete skulls etc?

  • @markrekecki9552
    @markrekecki9552 ปีที่แล้ว

    Hi Everyone! Could you help me out? I installed the fsl, but it is not running. This is what I get from the terminal: ,,zsh: command not found: fslview" What could be the solution for this problem?

    • @alesanetzley9900
      @alesanetzley9900 4 หลายเดือนก่อน

      Same. And there are no solutions available online.

  • @Michael-il8ls
    @Michael-il8ls ปีที่แล้ว

    I have some problems with flirt/fnirt for rat fMRI. Also I cannot import P56 Allen atlas for rat brain. Why is that?

  • @raimaadhikary1556
    @raimaadhikary1556 2 ปีที่แล้ว

    Thanks for the information. I have a question. Are there any other tools specially on windows platform that can generate brain masks ?

  • @pranjalikhiratkar5630
    @pranjalikhiratkar5630 2 ปีที่แล้ว

    please post link here

  • @jessiestone99
    @jessiestone99 2 ปีที่แล้ว

    Hi, what is a wizard button? Thanks!

  • @JohnSmith-zh2yn
    @JohnSmith-zh2yn 2 ปีที่แล้ว

    How can I do the same thing with the multi subject concatenated ICA?

  • @maryamhaghshomar2039
    @maryamhaghshomar2039 2 ปีที่แล้ว

    Thanks for the good explanation!

  • @alexandermarkweber1814
    @alexandermarkweber1814 2 ปีที่แล้ว

    Thanks!

  • @reubenaddison4048
    @reubenaddison4048 2 ปีที่แล้ว

    Our lab collected two field maps one in the AP direction and another in the PA direction, how do we combine the two

    • @joanahmadzime
      @joanahmadzime ปีที่แล้ว

      Did you end up finding a way to process these AP PA field maps?

    • @lyntongraetz3805
      @lyntongraetz3805 5 หลายเดือนก่อน

      @@joanahmadzime fslmerge -t AP_PA_b0 <AP input fmap image> <PA input fmap image>

  • @JalalUddin-nn3yb
    @JalalUddin-nn3yb 2 ปีที่แล้ว

    Brilliant information.

  • @angelalee5903
    @angelalee5903 2 ปีที่แล้ว

    Thanks for your helpful videos! If I am trying to do two step registration with the first step being linear registration of a T1 image to a T2 image, is it OK to use the FEAT tool and upload the T2 image where you have uploaded the functional data? Then subsequently use FNIRT to perform spatial normalization to MNI space?

    • @tamseelnaveed3876
      @tamseelnaveed3876 8 หลายเดือนก่อน

      did you ever figure this out?

  • @manudasmd
    @manudasmd 2 ปีที่แล้ว

    Hi need a help

  • @MLDawn
    @MLDawn 2 ปีที่แล้ว

    What a great video! Hats off to Oxford's WIN team. I wonder how small can the voxels be and if there is a probabilistic estimation method for the error in estimating the fibre orientations

  • @minamazaheri410
    @minamazaheri410 2 ปีที่แล้ว

    Life saver! Thanks a bunch.