สถาบันคลังสมองของชาติ จัดตั้งขึ้นโดยคณะรัฐมนตรีรับทราบเมื่อวันที่ 7 มกราคม พ.ศ. 2546 ให้มีภารกิจเพื่อตอบสนองต่อความต้องการของภาครัฐและสังคมในการแก้ปัญหาและแสวงหาความริเริ่มเชิงนโยบายใหม่ๆ ที่มีผลกระทบต่อการพัฒนาเศรษฐกิจและสังคมของประเทศทั้งในระยะสั้นและระยะยาว ด้วยกระบวนการทางวิชาการ บนฐานของข้อมูลและการวิเคราะห์วิจัย ผ่านการประสานกับเครือข่ายนักวิชาการจากอุดมศึกษา และผู้เชี่ยวชาญหลากหลายสาขาจากองค์กรต่าง ๆ ทั้งในและต่างประเทศ โดยมีคณะกรรมการบริหารกำกับดูแล

ปัจจุบัน สถาบันคลังสมองของชาติ ได้ปรับเปลี่ยนยุทธศาสตร์การดำเนินงานให้เหมาะสม 3 ด้าน คือ (1) หนุนเสริมความเข้มแข็งของระบบอุดมศึกษา (2) ใช้ประโยชน์จากพลังปัญญาของบุคลากรในระบบอุดมศึกษาเพื่อการพัฒนาประเทศ และ (3) การจัดให้มีการวิจัยเชิงนโยบายเพื่อพัฒนาระบบอุดมศึกษาและพัฒนาประเทศ