В Biomutant есть разветвленные сюжетные линии, где решения, принятые игроком, будут определять, как история будет продолжаться. Мир Biomutant поражен стихийным бедствием, поскольку ядовитое масло выходит из-под поверхности земли и отравляет Древо Жизни. У Древа Жизни пять корней, через которые оно дает жизнь всему миру. Чтобы спасти Древо Жизни, игрокам нужно добраться до конца каждого корня, где, помимо масла, могучее существо разрушает корень, грызя его. Есть также шесть племен, отделившихся от своего первоначального анклава. Трое из них хотят исцелить Древо Жизни, а трое других планируют делать что-то самостоятельно. На каждое племя влияет система Кармы. Игрок может вступить в союз с племенем и уничтожить его соперников, чтобы увеличить могущество союзного племени в мире, хотя также можно решить судьбу Древа Жизни, не уничтожая какое-либо из племен. Главу племени можно либо победить в схватке, либо уговорить сдаться без лишнего кровопролития.